<font><font face="trebuchet ms,sans-serif"><div><br></div><div>First i had simulation of the protein alone in united atom gromacs force field by -ff gmx in pdb2gmx</div><div>now i am unable to run the protein-ligand complex for the same protein with a ligand,</div>

<div> it says the following error due to itp file generated from PRODRG, </div><div>if i change the force field its says atom mismatch............. Please help me....</div><div><br></div><div>What is the way to run the simulation</div>

<div><br></div><div>grompp-4.0.7 -f em.mdp -c prt_b4ion.pdb -p prt.top -o prt_b4ion.tpr</div><div>                         :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:</div><div><br></div><div>               GRoups of Organic Molecules in ACtion for Science</div>

<div><br></div><div>                            :-)  VERSION 4.0.7  (-:</div><div><br></div><div><br></div><div>      Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.</div><div>       Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.</div>

<div>             Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,</div><div>            check out <a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a> for more information.</div><div><br></div><div>         This program is free software; you can redistribute it and/or</div>

<div>          modify it under the terms of the GNU General Public License</div><div>         as published by the Free Software Foundation; either version 2</div><div>             of the License, or (at your option) any later version.</div>

<div><br></div><div>                             :-)  grompp-4.0.7  (-:</div><div><br></div><div>Option     Filename  Type         Description</div><div>------------------------------------------------------------</div><div>

  -f         em.mdp  Input, Opt!  grompp input file with MD parameters</div><div> -po      mdout.mdp  Output       grompp input file with MD parameters</div><div>  -c  prt_b4ion.pdb  Input        Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa</div>

<div>  -r       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa</div><div> -rb       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa</div><div>  -n      index.ndx  Input, Opt.  Index file</div>

<div>  -p        prt.top  Input        Topology file</div><div> -pp  processed.top  Output, Opt. Topology file</div><div>  -o  prt_b4ion.tpr  Output       Run input file: tpr tpb tpa</div><div>  -t       traj.trr  Input, Opt.  Full precision trajectory: trr trj cpt</div>

<div>  -e       ener.edr  Input, Opt.  Energy file: edr ene</div><div><br></div><div>Option       Type   Value   Description</div><div>------------------------------------------------------</div><div>-[no]h       bool   no      Print help info and quit</div>

<div>-nice        int    0       Set the nicelevel</div><div>-[no]v       bool   yes     Be loud and noisy</div><div>-time        real   -1      Take frame at or first after this time.</div><div>-[no]rmvsbds bool   yes     Remove constant bonded interactions with virtual</div>

<div>                            sites</div><div>-maxwarn     int    0       Number of allowed warnings during input processing</div><div>-[no]zero    bool   no      Set parameters for bonded interactions without</div><div>

                            defaults to zero instead of generating an error</div><div>-[no]renum   bool   yes     Renumber atomtypes and minimize number of</div><div>                            atomtypes</div><div><br></div>

<div>Ignoring obsolete mdp entry &#39;title&#39;</div><div>Ignoring obsolete mdp entry &#39;cpp&#39;</div><div><br></div><div>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.3#</div><div>checking input for internal consistency...</div>

<div>processing topology...</div><div>Opening library file /usr/local/gromacs-4.0.7//share/top/ffgmx.itp</div><div>Opening library file /usr/local/gromacs-4.0.7//share/top/ffgmxnb.itp</div><div>Opening library file /usr/local/gromacs-4.0.7//share/top/ffgmxbon.itp</div>

<div>Opening library file /usr/local/gromacs-4.0.7//share/top/ff_dum.itp</div><div>Generated 1284 of the 1485 non-bonded parameter combinations</div><div>Opening library file /usr/local/gromacs-4.0.7//share/top/spc.itp</div>

<div>Opening library file /usr/local/gromacs-4.0.7//share/top/ions.itp</div><div><br></div><div>-------------------------------------------------------</div><div>Program grompp-4.0.7, VERSION 4.0.7</div><div>Source code file: toppush.c, line: 947</div>

<div><br></div><div>Fatal error:</div><div>Atomtype CR1 not found</div><div>-------------------------------------------------------</div><div><br></div><div>&quot;I Caught It In the Face&quot; (P.J. Harvey)</div><div><br>

</div><div>[</div><div><br></div><div> grompp-4.0.7 -f em.mdp -c prt_b4ion.pdb -p prt.top -o prt_b4ion.tpr</div><div>                         :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:</div><div><br></div><div>                          GROtesk MACabre and Sinister</div>

<div><br></div><div>                            :-)  VERSION 4.0.7  (-:</div><div><br></div><div><br></div><div>      Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.</div><div>       Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.</div>

<div>             Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,</div><div>            check out <a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a> for more information.</div><div><br></div><div>         This program is free software; you can redistribute it and/or</div>

<div>          modify it under the terms of the GNU General Public License</div><div>         as published by the Free Software Foundation; either version 2</div><div>             of the License, or (at your option) any later version.</div>

<div><br></div><div>                             :-)  grompp-4.0.7  (-:</div><div><br></div><div>Option     Filename  Type         Description</div><div>------------------------------------------------------------</div><div>

  -f         em.mdp  Input, Opt!  grompp input file with MD parameters</div><div> -po      mdout.mdp  Output       grompp input file with MD parameters</div><div>  -c  prt_b4ion.pdb  Input        Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa</div>

<div>  -r       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa</div><div> -rb       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa</div><div>  -n      index.ndx  Input, Opt.  Index file</div>

<div>  -p        prt.top  Input        Topology file</div><div> -pp  processed.top  Output, Opt. Topology file</div><div>  -o  prt_b4ion.tpr  Output       Run input file: tpr tpb tpa</div><div>  -t       traj.trr  Input, Opt.  Full precision trajectory: trr trj cpt</div>

<div>  -e       ener.edr  Input, Opt.  Energy file: edr ene</div><div><br></div><div>Option       Type   Value   Description</div><div>------------------------------------------------------</div><div>-[no]h       bool   no      Print help info and quit</div>

<div>-nice        int    0       Set the nicelevel</div><div>-[no]v       bool   yes     Be loud and noisy</div><div>-time        real   -1      Take frame at or first after this time.</div><div>-[no]rmvsbds bool   yes     Remove constant bonded interactions with virtual</div>

<div>                            sites</div><div>-maxwarn     int    0       Number of allowed warnings during input processing</div><div>-[no]zero    bool   no      Set parameters for bonded interactions without</div><div>

                            defaults to zero instead of generating an error</div><div>-[no]renum   bool   yes     Renumber atomtypes and minimize number of</div><div>                            atomtypes</div><div><br></div>

<div>Ignoring obsolete mdp entry &#39;title&#39;</div><div>Ignoring obsolete mdp entry &#39;cpp&#39;</div><div><br></div><div>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.5#</div><div>checking input for internal consistency...</div>

<div>processing topology...</div><div>Opening library file /usr/local/gromacs-4.0.7//share/top/ffgmx.itp</div><div>Opening library file /usr/local/gromacs-4.0.7//share/top/ffgmxnb.itp</div><div>Opening library file /usr/local/gromacs-4.0.7//share/top/ffgmxbon.itp</div>

<div>Opening library file /usr/local/gromacs-4.0.7//share/top/ff_dum.itp</div><div>Generated 1284 of the 1485 non-bonded parameter combinations</div><div>Opening library file /usr/local/gromacs-4.0.7//share/top/spc.itp</div>

<div>Opening library file /usr/local/gromacs-4.0.7//share/top/ions.itp</div><div>Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;Protein_A&#39;</div><div>Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;DRG&#39;</div><div>

Excluding 2 bonded neighbours molecule type &#39;SOL&#39;</div><div><br></div><div>NOTE 1 [file prt.top, line 18947]:</div><div>  System has non-zero total charge: -9.999978e-01</div><div>  </div><div><br></div><div><br>
</div>
<div>processing coordinates...</div><div><br></div><div>-------------------------------------------------------</div><div>Program grompp-4.0.7, VERSION 4.0.7</div><div>Source code file: grompp.c, line: 362</div><div><br>
</div>
<div>Fatal error:</div><div>number of coordinates in coordinate file (prt_b4ion.pdb, 79463)</div><div>             does not match topology (prt.top, 79455)</div><div>-------------------------------------------------------</div>

<div><br></div><div>&quot;Sometimes Life is Obscene&quot; (Black Crowes)</div><div><br></div></font></font><div><br></div>-- <br><div><font face="comic sans ms,sans-serif"></font>-- <br><div><br><font face="comic sans ms,sans-serif"></font></div>

<div style="font-family:verdana,sans-serif"><b><font>Yours Sincerely,</font></b></div><div style="font-family:verdana,sans-serif"><b><font>B. Sarath Kumar, M.S (By Research),<br>Tissue Culture and Drug Discovery Lab,<br>
Centre for Biotechnology,<br>
Anna University, Chennai.</font></b></div></div><br>