<html><head></head><body>you have position restraints on, which I expect would damp collisions between solvent and solute. temp drops towards some sort of equilibrium, which doesn&#39;t necessarily match your starting temp even though energy of the system is conserved ..sounds like expected behavior to me?<br>
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Sent from my Android phone with K-9 Mail. Please excuse my brevity.<br><br><div class="gmail_quote">Thanh Binh NGUYEN &lt;nguyentb@bii.a-star.edu.sg&gt; wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<pre style="white-space: pre-wrap; word-wrap:break-word; font-family: monospace">   Dear Gromacs experts,<br />&gt; I'm just a newbaby in Gromacs, and hence I have a lot of problem  <br />&gt; when  running this program. I try to run NVE simulation of a  <br />&gt; protein. First,  I run an NTP ensemble, follow by NVT and finally,  <br />&gt; NVE. In NPT and NVT, T remains as constant, however, in NVE   <br />&gt; simulation, the temperature drops gradually instead of maintain   <br />&gt; approximately constant. Could you give me any advice to solve this   <br />&gt; problem?<br />&gt; Thank you very much.<br />&gt; Regards,<br />&gt; Nguyen<br />&gt;<br />&gt; P.S: below is my mdp file for three simulations:<br />&gt; NPT ensemble:<br />&gt; title = DEN2pro_MD<br />&gt; define = -DFLEXIBLE<br />&gt; constraints = all-bonds<br />&gt; integrator = md<br />&gt; dt = 0.002 ; ps !<br />&gt; nsteps = 1000000 ; total 2000 ps.<br />&gt; nstcomm = 1<br />&gt; nstxout = 5000 ; output
coordinates every 10 ps<br />&gt; nstvout = 5000 ; output velocities every 10 ps<br />&gt; nstfout = 0<br />&gt; nstlog = 10<br />&gt; nstenergy = 10<br />&gt; nstlist = 10<br />&gt; ns_type = grid<br />&gt; rlist = 0.9<br />&gt; coulombtype = PME<br />&gt; rcoulomb = 0.9<br />&gt; rvdw = 1.0<br />&gt; fourierspacing = 0.12<br />&gt; fourier_nx = 0<br />&gt; fourier_ny = 0<br />&gt; fourier_nz = 0<br />&gt; pme_order = 6<br />&gt; ewald_rtol = 1e-5<br />&gt; optimize_fft = yes<br />&gt; ; Berendsen temperature coupling is on in four groups<br />&gt; Tcoupl = berendsen<br />&gt; tau_t = 0.1 0.1<br />&gt; tc_grps = protein non-protein<br />&gt; ref_t = 300 300<br />&gt; ; Pressure coupling is on<br />&gt; Pcoupl = berendsen<br />&gt; pcoupltype = isotropic<br />&gt; tau_p = 1.0<br />&gt; compressibility = 4.5e-5<br />&gt; ref_p = 1.0<br />&gt; ; Generate velocites is on at 300 K.<br />&gt; gen_vel = yes<br />&gt; gen_temp = 300.0<br />&gt; gen_seed = 173529<br />&gt;<br />&gt;<
 br
/>&gt;<br />&gt; NVT ensemble<br />&gt; title       = DEN2pro_MD NVT equilibration<br />&gt; define      = -DPOSRES  ; position restrain the protein and ligand<br />&gt; ; Run parameters<br />&gt; integrator  = md        ; leap-frog integrator<br />&gt; nsteps      = 100000     ; 2 * 100000 = 200 ps<br />&gt; dt          = 0.002     ; 2 fs<br />&gt; ; Output control<br />&gt; nstxout     = 5000       ; save coordinates every 10 ps<br />&gt; nstvout     = 5000       ; save velocities every 10 ps<br />&gt; nstenergy   = 100       ; save energies every 0.2 ps<br />&gt; nstlog      = 100       ; update log file every 0.2 ps<br />&gt; energygrps  = Protein<br />&gt; ; Bond parameters<br />&gt; continuation    = no            ; first dynamics run<br />&gt; constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints<br />&gt; constraints     = all-bonds     ; all bonds (even heavy atom-H  <br />&gt; bonds)  constrained<br />&gt; lincs_iter      = 1             ; accuracy of LINCS<br />&
 gt;
lincs_order     = 4             ; also related to accuracy<br />&gt; ; Neighborsearching<br />&gt; ns_type     = grid      ; search neighboring grid cells<br />&gt; nstlist     = 5         ; 10 fs<br />&gt; rlist       = 0.9       ; short-range neighborlist cutoff (in nm)<br />&gt; rcoulomb    = 0.9       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)<br />&gt; rvdw        = 1.4       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)<br />&gt; ; Electrostatics<br />&gt; coulombtype     = PME       ; Particle Mesh Ewald for long-range   <br />&gt; electrostatics<br />&gt; pme_order       = 4         ; cubic interpolation<br />&gt; fourierspacing  = 0.12      ; grid spacing for FFT<br />&gt; ; Temperature coupling is on<br />&gt; tcoupl      = V-rescale                     ; modified Berendsen thermostat<br />&gt; tc-grps     = Protein Non-protein            ; two coupling groups - more accurate<br />&gt; tau_t       = 0.1   0.1                     ; time constant, in ps<br />&gt; ref_t       = 
 300  
300                     ; reference temperature,  <br />&gt;  one for each group, in K<br />&gt; ; Pressure coupling is off<br />&gt; pcoupl      = no        ; no pressure coupling in NVT<br />&gt; ; Periodic boundary conditions<br />&gt; pbc         = xyz       ; 3-D PBC<br />&gt; ; Dispersion correction<br />&gt; DispCorr    = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme<br />&gt; ; Velocity generation<br />&gt; gen_vel     = yes       ; assign velocities from Maxwell distribution<br />&gt; gen_temp    = 300       ; temperature for Maxwell distribution<br />&gt; gen_seed    = -1        ; generate a random seed<br />&gt;<br />&gt;<br />&gt; NVE ensemble:<br />&gt; title       = DEN2pro_MD NVE equilibration<br />&gt; define      = -DPOSRES  ; position restrain the protein and ligand<br />&gt; ; Run parameters<br />&gt; integrator  = md-vv     ; leap-frog integrator<br />&gt; nsteps      = 1000000   ; 2 * 1000000 = 2000 ps<br />&gt; dt          = 0.002     ; 2 fs<br />&gt; ; Out
 put
control<br />&gt; nstxout     = 5000      ; save coordinates every 10 ps<br />&gt; nstvout     = 5000      ; save velocities every 10 ps<br />&gt; nstenergy   = 100       ; save energies every 0.2 ps<br />&gt; nstlog      = 100       ; update log file every 0.2 ps<br />&gt; energygrps  = Protein<br />&gt; ; Bond parameters<br />&gt; continuation    = no            ; first dynamics run<br />&gt; constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints<br />&gt; constraints     = all-bonds     ; all bonds (even heavy atom-H  <br />&gt; bonds)  constrained<br />&gt; lincs_iter      = 1             ; accuracy of LINCS<br />&gt; lincs_order     = 4             ; also related to accuracy<br />&gt; ; Neighborsearching<br />&gt; ns_type     = grid      ; search neighboring grid cells<br />&gt; nstlist     = 5         ; 10 fs<br />&gt; rlist       = 1.6       ; short-range neighborlist cutoff (in nm)<br />&gt; rcoulomb    = 0.9       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)<br />&gt;
rlistlong   = 1.6<br />&gt; ;treatment of van der waals interactions<br />&gt; vdwtype = Shift<br />&gt; rvdw         = 0.95                  short-range van der Waals cutoff (in nm)<br />&gt; rvdw-switch = 0.9<br />&gt; ; Electrostatics<br />&gt; coulombtype     = PME-Switch; Particle Mesh Ewald for long-range   <br />&gt; electrostatics<br />&gt; pme_order       = 4         ; cubic interpolation<br />&gt; fourierspacing  = 0.12      ; grid spacing for FFT<br />&gt; ; Temperature coupling is on<br />&gt; tcoupl      = no                                 ; no temperature coupling in NVE<br />&gt; ; Pressure coupling is off<br />&gt; pcoupl      = no        ; no pressure coupling in NVE<br />&gt; ; Periodic boundary conditions<br />&gt; pbc         = xyz       ; 3-D PBC<br />&gt; ; Dispersion correction<br />&gt; DispCorr    = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme<br />&gt; ; Velocity generation<br />&gt; gen_vel     = yes       ; assign velocities from Maxwell distribution<br />&gt; gen_temp    = 3
 00     
 ; temperature for Maxwell distribution<br />&gt; gen_seed    = -1        ; generate a random seed<br />&gt;<br />&gt;<br /><br /><br /><br />-- <br />gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br />www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /></pre></blockquote></div></body></html>