
<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Dear GROMACS Specialists,<br><br>I have one question about radius of gyration for micelle, Please help me.<br>My micelle is created at 100000 ps by Martini CG force field.<br>When I calculate the radius of gyration from this time as "g_gyrate -f 1.xtc -s 1.tpr -n 1.ndx -o gyrate.xvg -b 100000" and "g_analyze -f gyrate.xvg -av -ee", my answer is:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; std. dev.&nbsp;&nbsp;&nbsp; relative deviation of<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; standard&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ---------&nbsp;&nbsp;

 cumulants from those of<br>set&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deviation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sqrt(n-1)&nbsp;&nbsp; a Gaussian distribition<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cum. 3&nbsp;&nbsp; cum. 4<br>SS1&nbsp;&nbsp; 1.811581e+00&nbsp;&nbsp; 1.586248e-02&nbsp;&nbsp; 3.708049e-05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.399&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.318<br>SS2&nbsp;&nbsp; 1.476027e+00&nbsp;&nbsp; 5.355297e-02&nbsp;&nbsp; 1.251867e-04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.009&nbsp;&nbsp; -0.039<br>SS3&nbsp;&nbsp; 1.480446e+00&nbsp;&nbsp; 5.226397e-02&nbsp;&nbsp; 1.221735e-04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.004&nbsp;&nbsp;

 -0.060<br>SS4&nbsp;&nbsp; 1.478287e+00&nbsp;&nbsp; 5.332558e-02&nbsp;&nbsp; 1.246551e-04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.005&nbsp;&nbsp; -0.084<br><br>Set&nbsp;&nbsp; 1:&nbsp; err.est. 0.000281889&nbsp; a 0.468124&nbsp; tau1 20.1606&nbsp; tau2 308.225<br>Set&nbsp;&nbsp; 2:&nbsp; err.est. 0.0024333&nbsp; a 0.925872&nbsp; tau1 536.208&nbsp; tau2 8592.94<br>Set&nbsp;&nbsp; 3:&nbsp; err.est. 0.00190226&nbsp; a 0.971916&nbsp; tau1 544.756&nbsp; tau2 7044.58<br>Set&nbsp;&nbsp; 4:&nbsp; err.est. 0.00267771&nbsp; a 0.991392&nbsp; tau1 629.613&nbsp; tau2 88302<br><br>But when I calculate it from start time of simulation as "g_gyrate -f 1.xtc -s 1.tpr -n 1.ndx -o gyrate.xvg" and "g_analyze -f gyrate.xvg -av -ee", my answer is:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; std.

 dev.&nbsp;&nbsp;&nbsp; relative deviation of<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; standard&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ---------&nbsp;&nbsp; cumulants from those of<br>set&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deviation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sqrt(n-1)&nbsp;&nbsp; a Gaussian distribition<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cum. 3&nbsp;&nbsp; cum. 4<br>SS1&nbsp;&nbsp; 1.979407e+00&nbsp;&nbsp; 6.228274e-01&nbsp;&nbsp; 1.392685e-03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.317&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.169<br>SS2&nbsp;&nbsp;

 1.613785e+00&nbsp;&nbsp; 5.401095e-01&nbsp;&nbsp; 1.207722e-03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.478&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.949<br>SS3&nbsp;&nbsp; 1.601265e+00&nbsp;&nbsp; 4.713569e-01&nbsp;&nbsp; 1.053986e-03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.547&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.460<br>SS4&nbsp;&nbsp; 1.624623e+00&nbsp;&nbsp; 5.387790e-01&nbsp;&nbsp; 1.204746e-03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.208&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.719<br><br>Warning: tau2 is longer than the length of the data (1.2e+06)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the statistics might be bad<br>invalid fit:&nbsp; e.e. -nan&nbsp; a 5.56656&nbsp; tau1 674505&nbsp; tau2 8.75077e+07<br>Will fix tau2 at the total time: 1.2e+06<br>a fitted parameter is negative<br>invalid fit:&nbsp; e.e. -nan&nbsp; a 18.789&nbsp; tau1 806548&nbsp; tau2 1.2e+06<br>Will use a single exponential fit for set 1<br>Set&nbsp;&nbsp; 1:&nbsp; err.est. 0.212562&nbsp; a 1&nbsp; tau1 69885.8&nbsp; tau2 0<br>a

 fitted parameter is negative<br>invalid fit:&nbsp; e.e. 20.1017&nbsp; a 2.22647&nbsp; tau1 210523&nbsp; tau2 -6.77257e+08<br>Will fix tau2 at the total time: 1.2e+06<br>a fitted parameter is negative<br>invalid fit:&nbsp; e.e. -nan&nbsp; a 3.04296&nbsp; tau1 249121&nbsp; tau2 1.2e+06<br>Will use a single exponential fit for set 2<br>Set&nbsp;&nbsp; 2:&nbsp; err.est. 0.170009&nbsp; a 1&nbsp; tau1 59447.7&nbsp; tau2 0<br>a fitted parameter is negative<br>invalid fit:&nbsp; e.e. 0.139564&nbsp; a 1.61177&nbsp; tau1 36947.7&nbsp; tau2 11359.6<br>Will fix tau2 at the total time: 1.2e+06<br>a fitted parameter is negative<br>invalid fit:&nbsp; e.e. -nan&nbsp; a 2.35981&nbsp; tau1 195092&nbsp; tau2 1.2e+06<br>Will use a single exponential fit for set 3<br>Set&nbsp;&nbsp; 3:&nbsp; err.est. 0.149959&nbsp; a 1&nbsp; tau1 60729.6&nbsp; tau2 0<br>a fitted parameter is negative<br>invalid fit:&nbsp; e.e. 6.4854&nbsp; a 5.92085&nbsp; tau1 759910&nbsp; tau2

 -1.67528e+07<br>Will fix tau2 at the total time: 1.2e+06<br>a fitted parameter is negative<br>invalid fit:&nbsp; e.e. -nan&nbsp; a 30.0389&nbsp; tau1 922726&nbsp; tau2 1.2e+06<br>Will use a single exponential fit for set 4<br>Set&nbsp;&nbsp; 4:&nbsp; err.est. 0.184771&nbsp; a 1&nbsp; tau1 70566.6&nbsp; tau2 0<br><br>and my plot of errest.xvg in the first one is similar with article "B. Hess, J. Chem. Phys. 116:209-217, 2002" but in the second one is different whereas err.est in second are similar to micellar articles.<br><br>I don't know which one is true, time of simulation start or time of creation of micelle?<br><br>Both of them (the radius of gyration) is in agreement with experimental but second one is more near than first one.<br><br>Please help me.<br>Thank you very much in advance.<br>Best Regards<br>Dina<br><br><br><br></div></div></body></html>