<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style></head>
<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>
<div>Hello,</div><div><br></div><div>I assume that you mean pull_pbcatom0...</div><div><br></div><div>Nothing changes when I set this to an atom index I am afraid.</div><div><br></div><div>I saw that you had use pull_geometry=cylinder in your recent JACS paper.</div><div><br></div><div>Would it be too much to ask to see those pull settings?</div><div><br></div><div>I simply cannot get the molecule to stay at the desired z-position...</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div><br></div><div><br></div><div><br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; we had similar trouble some time ago, and we could solve it by using a <br>&gt; good PBC atom. Make sure that your pbc_atom is in the very center of <br>&gt; your membrane.<br>&gt; <br>&gt; Btw, using "distance" to compare with "cylinder" is a bad test, since it <br>&gt; does something very different (the distance is the same at z=com-1 and <br>&gt; z=com+1. I would use "direction" or "position" for your test. You can <br>&gt; also use position/direction for the umbrella simulations, you'll <br>&gt; probably get similar results to the geometry "cylinder", but you'll also <br>&gt; have to make sure your pbc_atom is fine.<br>&gt; <br>&gt; Cheers,<br>&gt; Jochen<br></div>                                               </div></body>
</html>