<font class="Apple-style-span" face="&#39;trebuchet ms&#39;, sans-serif"><div>Hi Justin,</div><div><br></div><div>I had used only  Gromos 43 a1 from initially for proteins, but i saw the -ff gmx in the Drug enzyme tutorial, so i tried using this optiion for protein ligand comp[ex simultaitons, also the simulation was able to be performed with -ff gmx for some ligands without the atom type not found error. for all the ligands i used the itp (topology) file from PRODRG only</div>

<div>I came accross the problem that u stated with PRODRG in the archives...</div><div>Now for this protein ligand complex i am unable to used Gromos43a1, it says number of atoms mismatch</div><div>but that problem of mismatch is due to the itp file included in the .top file</div>

<div>For complexes i do add the .itp file in the .top file everytime during simulation...</div><div>If in case the only way to solve this problem is to make manual improvements in the itp file....</div><div>Can u please help me how to do the adjustments....I am sorry i dont know how to create a manual itp topology file...</div>

<div><br></div><div>Thanks in advance...</div><div><br></div><div>----</div><div>Sarath Kumar Baskaran</div></font>