Dear Gmx Users,<br><br>I am running TPI of the water in the system containing free amino acids. Steps:<br><br>1. I run the NPT simulation of 100 ns to equilibrate the system.<br>2. I added 1 extra water molecule to the final pdb file (converted from gro) and to topology<br>
3. I creaded tpi.tpr using grompp using new pdb file with extra water molecule<br>4. mdrun –s tpi298.tpr -rerun md298.trr -deffnm tpi298 -tpi tpi298.xvg -tpid tpid298.xvg<br><br>My question: Is it better generate new velocities in my mdp file (continuation = yes, gen_vel = no, tpi integrator) for a pdb file or use velocities from previous simulations (gro file)? <br>
If the second option is more appropriate what velocity shall I adjust to the extra water molecule?<br><br>I will appreciate your reply.<br><br>Steven<br>