Dear Gmx Users,<br><br>My surface is made of different atoms (Fe, Na, H). I would like to create bonds between them so the surface will be stable. Is there a command in gromacs to create [ bonds ] and to add to your topology?<br>
I tried to use specbond.dat but none bonds were created. It could be manually quite time consuming.<br><br>Thank you<br><br>Steven<br>