Dear gromacs users, <div><br></div><div>I performed a Hemiltonian Replica Exchange (i.e. replica exchange where each replica has a init_lambda=0, delta_lambda=0 and init_lambda ranging uniformely from 0 to 1).</div><div><br>
</div><div>Since I have only ten fixed discrete lambda, I run a Temperature Replica Exchange where, for each replica I generated a .top file with the parameter rescaled through a </div><div>python script ( in practice I did through python the same thing gromacs is supposed to do with the H-REM previously described). Now gromacs complained because</div>
<div>every replica has the same setup, so I changed the temperatures using very close values (300.0001K,  300.0002K,300.0003K,300.0004K,300.0005K,300.0006K,300.0007K,300.0008K, 300.0009K)</div><div>With this setup the simulation runs fine and I expect to have similar result.</div>
<div><br></div><div>Then I compared the results observing two phenomena:</div><div><br></div><div>1) In the second case exchange rate is 100%, while in the first case I have an exchange rate close to 30%. </div><div>Does it rise  because the temperatures are too close?</div>
<div><br></div><div>2) The second setup is 3x faster!  </div><div>In particular I observe an imbalance between PME and force calculation ranging from 10% to 60%. </div><div>I tried to run each replia indipendently (a different mdrun instance for each .tpr file) but still I observe the same performance slowdown.  </div>
<div>I guess the free energy impairs the efficient force calculation, but I dont understand why.</div><div><br></div><div>Can someone explain me the two observations?</div><div><div><div style><br></div><div style><br></div>
</div><div style><br></div><div style>Francesco</div>
</div>