Dear Gromacs user,<br>I&#39;m trying to calculate de distances between residues in a trajectory with g_mdmat and I&#39;m coming across a problem while trying to restrict only to a smaller number of residues providing an index file. in fact what I get is a matrix as big as if I use all the residues, and the area of interest is plotted through xpm2eps only in the lower left corner. How can I manage to obtain a plot that only focuses on the residues provided by the index file? I have been searching the mailing list but couldn&#39;t find an answer to that. <br>
Thank you in advance.<br>Best<br clear="all"><br>-- <br>Francesca Vitalini<br><br>