<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:14pt"><div><span><br></span></div><div>All right.</div><div>Thank you<br></div>  <div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 14pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Anirban &lt;reach.anirban.ghosh@gmail.com&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Shima Arasteh &lt;shima_arasteh2001@yahoo.com&gt;; Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Friday, May 11, 2012 8:11 PM<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] Simulation of POPC in water using CHARMM27<br> </font> </div> <br>
<div id="yiv1191909903"><br><br><div class="yiv1191909903gmail_quote">On Fri, May 11, 2012 at 9:10 PM, Anirban <span dir="ltr">&lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:reach.anirban.ghosh@gmail.com" target="_blank" href="mailto:reach.anirban.ghosh@gmail.com">reach.anirban.ghosh@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="yiv1191909903gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<br><br><div class="yiv1191909903gmail_quote"><div><div class="yiv1191909903h5">On Fri, May 11, 2012 at 7:36 PM, Shima Arasteh <span dir="ltr">&lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:shima_arasteh2001@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:shima_arasteh2001@yahoo.com">shima_arasteh2001@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="yiv1191909903gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div><div style="font-size:24pt;font-family:arial, helvetica, sans-serif;"><div><font size="4">Dear gmx users,</font></div><div><font size="4"><br></font></div><div><font size="4">I'm going to simulate the POPC in water.</font></div>

<div><font size="4">I downloaded required files in Tielman site and made the .top file. Then included the CHARMM27.ff in the .top file.</font></div></div></div></blockquote></div></div></div></blockquote><div><br>Its better to use CHARMM36 FF. It is more accurate towards the lipids and available from the GROMACS user contribution section.<br>
&nbsp;</div><blockquote class="yiv1191909903gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="yiv1191909903gmail_quote"><div><div class="yiv1191909903h5"><blockquote class="yiv1191909903gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div><div style="font-size:24pt;font-family:arial, helvetica, sans-serif;"><div><font size="4">When I run the grompp I get the fatal error as below:</font></div>
<div><font size="4">Atomtype CB not found<br></font></div><div><font size="4"><br></font></div><div><font size="4">I have done the same with gromos87.ff . But I didn't see any error.</font></div><div><font size="4">What's the problem?</font></div>

<div><font size="4">Anybody may suggest me how to solve this problem? Is this because of the forcefield? Or something in .top file goes wrong?</font></div><div><font size="4"><br></font></div></div></div></blockquote></div>
</div><div>
<br>Have properly edited the CHARMM27 bonded and nonbonded .itp files to include the Berger lipid parameters and have you included the POPC topology? You can follow this tutorial to get an idea:<br><br><a rel="nofollow" target="_blank" href="https://sites.google.com/site/anirbanzz/gpcr-gromacs-tutorial">https://sites.google.com/site/anirbanzz/gpcr-gromacs-tutorial</a><br>

<br>-Anirban<br>&nbsp;</div><blockquote class="yiv1191909903gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div><div style="font-size:24pt;font-family:arial, helvetica, sans-serif;"><div><font size="4"></font></div>

<div><font size="4">Thanks,</font></div><div><font size="4">Shima</font><span class="yiv1191909903HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div></div></div><span class="yiv1191909903HOEnZb"><font color="#888888"><br>--<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>
Please search the archive at <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br></font></span></blockquote></div><br>
</blockquote></div><br>
</div><br><br> </div> </div>  </div></body></html>