<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:14pt"><div><span>But if the hydrogen has charge and its charge is not zero, then the total charge of formyl wouldn't be zero! Make sense?<br></span></div><div><br></div><div><span><br></span></div><div>&nbsp;</div><div>Sincerely,<br>Shima<br></div>  <div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 14pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Sunday, May 13, 2012 9:44 PM<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] Fatal error:
 No atoms found in .rtp file in residue pairs<br> </font> </div> <br>
<br><br>On 5/13/12 1:06 PM, Shima Arasteh wrote:<br>&gt; Even in gromos87, if I want to make a .rtp file for formyl, I need to put H atom<br>&gt; in it? I mean, defining all atoms of a residue is necessary? Aren't the hydrogen<br>&gt; atoms set by the gromacs package?<br>&gt;<br><br>No.&nbsp; The presence of hydrogen atoms is set by the force field, not the software <br>that makes use of the force fields.&nbsp; In the Gromos force fields (and I certainly <br>hope you're not using Gromos87, as it is ancient and better options are <br>available), polar H atoms are explicitly represented.&nbsp; In the case of an <br>aldehyde, I would strongly suspect you need an explicit H.&nbsp; I believe there have <br>been recent publications regarding extensions of Gromos96 (note, NOT Gromos87) <br>that include such organic groups.&nbsp; Using those parameters may speed your <br>progress.&nbsp; If my recollection is incorrect and such parameters do not exist, you
 <br>need to derive them yourself.<br><br>-Justin<br><br>&gt; Cheers,<br>&gt; Shima<br>&gt;<br>&gt; --------------------------------------------------------------------------------<br>&gt; *From:* Justin A. Lemkul &lt;<a ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>&gt; *To:* Discussion list for GROMACS users &lt;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; *Sent:* Sunday, May 13, 2012 8:36 PM<br>&gt; *Subject:* Re: [gmx-users] Fatal error: No atoms found in .rtp file in residue pairs<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; On 5/13/12 11:43 AM, Shima Arasteh wrote:<br>&gt;&nbsp; &gt; Again thanks for all your replies.<br>&gt;&nbsp; &gt; As I got through your advices, I found that the atoms contribute in making bonds<br>&gt;&nbsp; &gt; and angles in a residue , or make dihedrals in a residue ( or with atoms in next<br>&gt;&nbsp; &gt; ones) plus the
 charge of a the residue should be defined properly in .rtp files<br>&gt;&nbsp; &gt; to define the new residue in aminoacid.rtp file of CHARMM36 force field.<br>&gt;&nbsp; &gt; So I arranged this lines to define formyl in .rtp file. And I got the topology.<br>&gt;&nbsp; &gt; But there are some questions for me here:<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; 1. How can I be sure the formyl which I defined is correct? Is getting the<br>&gt;&nbsp; &gt; topology is enough to be sure of the correct output?<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;<br>&gt; It is incorrect. As I said before, a formyl group is an aldehyde and has an H<br>&gt; atom attached to C, e.g. -CH(=O). At present, you are defining a -C=O group<br>&gt; with an incomplete carbon valence.<br>&gt;<br>&gt; http://en.wikipedia.org/wiki/Aldehyde<br>&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; The .rtp file for formyl is as below:<br>&gt;&nbsp; &gt; [ For ]<br>&gt;&nbsp; &gt; [ atoms ]<br>&gt;&nbsp; &gt; ; name type charge
 chargegroup<br>&gt;&nbsp; &gt; C CTL1 0.5700 0<br>&gt;&nbsp; &gt; O O -0.5700 0<br>&gt;&nbsp; &gt; [angles ]<br>&gt;&nbsp; &gt; ai aj ak<br>&gt;&nbsp; &gt; O C +N<br>&gt;&nbsp; &gt; [ bonds ]<br>&gt;&nbsp; &gt; C O<br>&gt;&nbsp; &gt; C +N<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; [ dihedrals ]<br>&gt;&nbsp; &gt; O C +N +CA<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;<br>&gt; Aside from the missing atom (and resulting missing bonds, angles, and dihedral),<br>&gt; the format of this entry is OK.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; 2. There are lots of numbers in .itp file which I got through the swissparam.<br>&gt;&nbsp; &gt; But I think the charge of atoms may be useful in this file and also I can just<br>&gt;&nbsp; &gt; find the atoms contribute in bonds and angles and.... . Am I right? Or I may get<br>&gt;&nbsp; &gt; some other useful information which I can get through the files of swissparam?<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;<br>&gt; If the existing bonded parameters for each interaction
 type (in ffbonded.itp)<br>&gt; are sufficient for defining these interactions, then you can omit the content of<br>&gt; the .itp file you've been using in the .rtp entry and rely on the force field to<br>&gt; look up those values. There may be some interactions that are not in agreement<br>&gt; (or do not exist), in which case you need to either define these parameters in<br>&gt; the .rtp entry itself or in ffbonded.itp so that they will be detected by grompp<br>&gt; later.<br>&gt;<br>&gt; -Justin<br>&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; Thanks in advance, and sorry for disturbing you friends.<br>&gt;&nbsp; &gt; Shima<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; --------------------------------------------------------------------------------<br>&gt;&nbsp; &gt; *From:* Justin A. Lemkul &lt;<a ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu"
 href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; *To:* Discussion list for GROMACS users &lt;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; *Sent:* Saturday, May 12, 2012 10:12 PM<br>&gt;&nbsp; &gt; *Subject:* Re: [gmx-users] Fatal error: No atoms found in .rtp file in<br>&gt; residue pairs<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; On 5/12/12 1:37 PM, Justin A. Lemkul wrote:<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt; On 5/12/12 1:32 PM, Shima Arasteh wrote:<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; Dear gmx users,<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; I want to simulate a peptide in water. The peptide has a formyl residue as the<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;
 N-terminus. I got the parameters of it and then add it to the .rtp file of<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; charmm36.ff as below:<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; [ For ]<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; [ atoms ]<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; ; name type charge chargegroup<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; C C 0.4500 0<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; O O -0.5700 0<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; [ bonds ]<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; ; ai aj fu b0 kb, b0 kb<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; 1 2 1 0.12220 779866.6 0.12220 779866.6<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; [ pairs ]<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; ; ai aj fu<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; [ angles ]<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; ; ai aj ak fu th0 kth ub0 kub th0 kth ub0 kub<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; 2 1 3 1 123.4390 403.48 123.4390 403.48<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; 2 1 4 1 123.4390 403.48 123.4390 403.48<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; [
 dihedrals ]<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; ; ai aj ak al fu phi0 kphi mult phi0 kphi mult<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; But when I do what I described, I face this fatal error:<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; Fatal error:<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; No atoms found in .rtp file in residue pairs<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; Would you help me with this problem? Did I add the formyl in a wrong way?<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt; Your [pairs] directive is empty, hence the error. Your [dihedrals] directive<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt; will also produce the same error. There are no possible pairs in a unit<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt; containing so few atoms, so you don't even need this. You may need to define<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt; dihedrals, however, but they also depend upon the next residue.<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt; You also have several other
 mistakes:<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt; 1. A formyl group has a proton on it; yours has none<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt; 2. Your net charge on the formyl group is not zero, though this may or may not<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt; be a consequence of point #1<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt; 3. There is no connectivity information for linking to the next residue, which<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt; will mean the formyl group will not be chemically bonded. This also affects<br>&gt; your<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt; dihedrals.<br>&gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; Another that I just caught as I hit send:<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; 4. In your [bonds] and [angles] directives, you use atom numbers - they should<br>&gt;&nbsp; &gt; be names<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; -Justin<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; --<br>&gt;&nbsp; &gt; ========================================<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; Justin A.
 Lemkul, Ph.D.<br>&gt;&nbsp; &gt; Department of Biochemistry<br>&gt;&nbsp; &gt; Virginia Tech<br>&gt;&nbsp; &gt; Blacksburg, VA<br>&gt;&nbsp; &gt; jalemkul[at]vt.edu &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<br>&gt;&nbsp; &gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; ========================================<br>&gt;&nbsp; &gt; --<br>&gt;&nbsp; &gt; gmx-users mailing list <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org"
 href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a><br>&gt;&nbsp; &gt; before posting!<br>&gt;&nbsp; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&nbsp; &gt; www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt; &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
 href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>&gt;&nbsp; &gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; ========================================<br>&gt;<br>&gt; Justin A. Lemkul, Ph.D.<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>&gt;<br>&gt; ========================================<br>&gt; --<br>&gt; gmx-users mailing list <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org"
 href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a><br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt; &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt; Can't post? Read <a
 href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>&gt;<br>&gt;<br><br>-- <br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul, Ph.D.<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
 target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br><br> </div> </div>  </div></body></html>