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<p style="line-height:100%" align="JUSTIFY"><font color="#000000">Dear gmx-users, I have some doubts on the manual pages. Kindly help to understand the same.<br></font></p><p style="line-height:100%" align="JUSTIFY"><font color="#000000">Section
5.7.1 Page 129</font></p>
<p style="line-height:100%" align="JUSTIFY"><font color="#000000">1)
gen-pairs: Setting ‘yes’ generates 1-4 parameters that are not
present in the pair list from normal Lennard-Jones parameters using
fudgeLJ.  <br></font></p><p style="line-height:100%" align="JUSTIFY"><font color="#000000">Is
there any way that I can see/write the generated parameters in a
file.</font></p>
<p style="line-height:100%" align="JUSTIFY"><font color="#000000">Section
5.7.1 Page 130</font></p>
<p style="line-height:100%" align="JUSTIFY"><font color="#000000">2)
Note that gen-pairs, fudgeLJ, fudgeQQ, and N are optional. fudgeLJ is
only used when generate pairs is set to ‘yes’, and fudgeQQ is
always used.</font></p>
<p style="line-height:100%" align="JUSTIFY"><font color="#000000">Does
it mean that if i specify gen-pairs as &quot;no&quot; and give the pair
parameters explicitly in the topology file, scaling of LJ would be
ignored. I
simply want to check the consistency in the energies using
gen-pair:yes and gen-pair:no (giving the parameters explicitly). </font>
</p>
<p style="line-height:100%" align="JUSTIFY"><font color="#000000">3) 
Section 5.7.1 Page 130</font></p>
<p style="line-height:100%" align="JUSTIFY"><font color="#000000">[
dihedrals ] : …. If you want to include Ryckaert-Bellemans type
dihedrals in a topology, do the following (in case of e.g. decane):</font></p>
<p style="line-height:100%" align="JUSTIFY"><font color="#000000">[
dihedrals ]</font></p>
<p style="line-height:100%" align="JUSTIFY"><font color="#000000">; ai
aj ak al funct c0 c1 c2</font></p>
<p style="line-height:100%" align="JUSTIFY"><font color="#000000">1 2
3 4 3</font></p>
<p style="line-height:100%" align="JUSTIFY"><font color="#000000">2 3
4 5 3</font></p>
<p style="font-weight:normal;line-height:100%" align="JUSTIFY"><font color="#000000">and
do not forget to erase the 1-4 interaction in [ pairs ]!</font></p>
<p style="font-weight:normal;line-height:100%" align="JUSTIFY"><font color="#000000">Someone
please help me to understand why the 1-4 interaction should be
omitted for RB type dihedrals ?.</font></p>

Thanks,<br>Bala<br clear="all"><br>