Hi Justin,<br><br>Thank you for the perl script. But I wonder now why there is a difference between what shows in the hbmap.xpm file and the summary_HBmap.dat generated. <br><br>For example, I found many occurrences of the second to last H-bond in the 20hbmap.xpm file attached (visualized by GIMP), but in the summary_HBmap.dat file there showed only 0.1 % Exist. of this specific H-bond.<br>

<br>Anything wrong with my interpretation?<br><br>Please see attached the files I used/ generated.<br><br>Thanks,<br>Yun<br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Sat, May 5, 2012 at 10:43 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im"><br>
<br>
On 5/5/12 1:22 PM, Yun Shi wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hello all,<br>
<br>
I have used g_hbond with -hbn option to generate a .ndx file that has Acceptor -<br>
Donor - Hydrogen in each line of the last index group.<br>
<br>
But I wonder I could I use this index file to monitor each hydrogen bond<br>
specified by these triplets along the trajectory?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Depending on what you&#39;re trying to do, you can map the triplets in hbond.ndx with the hbmap.xpm file to obtain, for instance, the % of total frames that a particular hydrogen bond exists.  I&#39;ve done something along those lines with a script I call <a href="http://plot_hbmap.pl" target="_blank">plot_hbmap.pl</a>, available from:<br>


<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/scripts.html" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin/<u></u>scripts.html</a><br>
<br>
Please note the usage information in the header of the file.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Also, I understand that the -ins in no longer available. But how can we analyze<br>
those water-mediated hydrogen bonds?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Doing something like this will require careful use of index groups and external scripting.  Presumably, if you have two groups (let&#39;s call them A and B), if group A forms hydrogen bonds to a certain group of SOL residues, and if group B does the same, with some of those SOL molecules overlapping in some given frames, you can make an argument for a water-mediated hydrogen bond. Determining the existence of the hydrogen bonds is easy with g_hbond and index groups.  Determining simultaneous occurrence requires an external script, and can make use of hbmap.xpm (to determine which frames contain the hydrogen bonds) and hbond.ndx (to determine which groups are participating in those hydrogen bonds).<br>


<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></span></blockquote></div><br>