<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:14pt"><div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 14pt;"><div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"><div id="yiv2137420137"><div><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:14pt;"><div>&nbsp;</div><div><span>Thanks for your suggestions.<br>Now I got the .itp file for frmyl+valine(the next residue).<br></span></div><div><span>This is the .<span class="yiv2137420137yshortcuts yiv2137420137cs4-visible" id="yiv2137420137lw_1336986932_0">itp</span> file got from the SwissParam.</span></div>
<div><span>[ atoms ] <br>
; nr type resnr resid atom cgnr charge mass <br>
&nbsp;&nbsp;<font size="4"> 1 C=O&nbsp; 1&nbsp; LIG C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 0.5700&nbsp; 12.0110 <br>
&nbsp;&nbsp; 2 O=C&nbsp; 1&nbsp; LIG O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 -0.5700&nbsp; 15.9994 </font><br>
&nbsp;&nbsp; 3 NC=O 1&nbsp; LIG N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 -0.7301&nbsp; 14.0067 <br>
&nbsp;&nbsp; 4 CR&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; LIG CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; 0.1941&nbsp; 12.0110 <br>
&nbsp;&nbsp; 5 CO2M 1&nbsp; LIG C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; 0.9060&nbsp; 12.0110 <br>
&nbsp;&nbsp; 6 O2CM 1&nbsp; LIG O1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 -0.9000&nbsp; 15.9994 <br>
&nbsp;&nbsp; 7 CR&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; LIG CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; 0.0000&nbsp; 12.0110 <br>
&nbsp;&nbsp; 8 CR&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; LIG CG1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; 0.0000&nbsp; 12.0110 <br>
&nbsp;&nbsp; 9 CR&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; LIG CG2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; 0.0000&nbsp; 12.0110 <br>
&nbsp; 10 O2CM 1&nbsp; LIG OXT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 -0.9000&nbsp; 15.9994 <br>
&nbsp; <font size="4">11 HCMM 1&nbsp; LIG H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; 0.0600&nbsp;&nbsp; 1.0079 </font><br>
&nbsp; 12 HNCO 1&nbsp; LIG H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; 0.3700&nbsp;&nbsp; 1.0079 <br>
&nbsp; 13 HCMM 1&nbsp; LIG HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 1.0079 <br>
&nbsp; 14 HCMM 1&nbsp; LIG HB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 1.0079 <br>
&nbsp; 15 HCMM 1&nbsp; LIG HG11&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 1.0079 <br>
&nbsp; 16 HCMM 1&nbsp; LIG HG12&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 1.0079 <br>
&nbsp; 17 HCMM 1&nbsp; LIG HG13&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 1.0079 <br>
&nbsp; 18 HCMM 1&nbsp; LIG HG21&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 1.0079 <br>
&nbsp; 19 HCMM 1&nbsp; LIG HG22&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 1.0079 <br>
&nbsp; 20 HCMM 1&nbsp; LIG HG23&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 1.0079&nbsp;</span></div>
<div><br>
  <span></span></div>
<div><span>Now I made this .rtp file as below:</span></div>
<div><span></span></div>
<div>&nbsp;[ For ]<br>&nbsp;[ atoms ]<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; name&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; chargegroup<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CTL1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5700&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; -0.5700&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;[angles ]<br>&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp; &nbsp;<br>&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N <br>&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N<br><br>&nbsp;[ bonds ]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>&nbsp;<br>&nbsp;[ dihedrals ]<br>&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp; +CA <br>&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp; +H <br>&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp; +H<br><br>You
 know, actually I want to get a correct .itp file to use it later the 
parameters later if it is needed. would you suggest me about this file?<br><br></div>Sincerely,<br>Shima  <div style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:14pt;"> <div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;<br> <b><span style="font-weight:bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight:bold;">Sent:</span></b> Monday, May 14, 2012 12:42 PM<br> <b><span style="font-weight:bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] Fatal error: No atoms found in .rtp file in residue pairs<br> </font> </div> <br>
<div id="yiv2137420137">
  

    
  
  <div>
    On 14/05/2012 6:00 PM, Shima Arasteh wrote:
    <blockquote type="cite">
      <div style="color:rgb(0, 0, 0);background-color:rgb(255, 255,
        255);font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:14pt;">
        <div><font size="3"><span>Thanks for your suggestions.</span></font></div>
        <div><font size="3"><span>Now, I think that it's better to add
              the N atom of next residue&nbsp; to the .pdb file and then add
              hydrogen atoms to its .mol2 format. Because when I open
              formyl.pdb in&nbsp; chimera software and add hydrogens to it,
              it becomes an </span>formaldehyde and then I get the a
            wrong parameters in .itp file by using SwissParam. So I
            didn't remove the N&nbsp; atom which connects to the C of formyl.
            Now I got this .itp file:</font></div>
        <div><font size="3">&nbsp;<br>
          </font></div>
        <div><font size="3">; nr type resnr resid atom cgnr charge mass
            <br>
            &nbsp;&nbsp; 1 CR&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; LIG C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 0.5500&nbsp; 12.0110 <br>
            &nbsp;&nbsp; 2 OR&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; LIG O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 -0.6800&nbsp; 15.9994 <br>
            &nbsp;&nbsp; 3 HCMM 1&nbsp; LIG H4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 1.0079 <br>
            &nbsp;&nbsp; 4 HCMM 1&nbsp; LIG H6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 1.0079 <br>
            &nbsp;&nbsp; 5 HOR&nbsp; 1&nbsp; LIG H8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; 0.4000&nbsp;&nbsp; 1.0079 <br>
            &nbsp;&nbsp; 6 NR&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; LIG N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 -0.9900&nbsp; 14.0067 <br>
            &nbsp;&nbsp; 7 HNR&nbsp; 1&nbsp; LIG H2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; 0.3600&nbsp;&nbsp; 1.0079 <br>
            &nbsp;&nbsp; 8 HNR&nbsp; 1&nbsp; LIG H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; 0.3600&nbsp;&nbsp; 1.0079 <br>
          </font></div>
        <div><font size="3"><br>
          </font></div>
        <div><font size="3">Would this file work probably? I mean can&nbsp; I
            get the correct parameters?</font></div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Since you can't have a double bond with that many bonded hydrogen
    atoms present, no.<br>
    <br>
    Like Justin has suggested, one approach is to take the whole residue
    adjacent to formyl and parameterise all of it. Another would be to
    take the acetyl group for that force field and assign the total
    charge of the methyl group to the hydrogen of your formyl - but this
    has obvious shortcomings.<br>
    <br>
    <blockquote type="cite">
      <div style="color:rgb(0, 0, 0);background-color:rgb(255, 255,
        255);font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:14pt;">
        <div><font size="3"><br>
          </font></div>
        <div><font size="3">The .rtp file which I arranged, is as below:</font></div>
        <div><font size="3">[ For ]<br>
            &nbsp;[ atoms ]<br>
            ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; name&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; chargegroup<br>
            &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CTL1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
            &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.6800 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
            &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1300 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
            &nbsp;[angles ]<br>
            &nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp; <br>
            &nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N <br>
            &nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</font></div>
        <div><font size="3">&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N<br>
            <br>
            &nbsp;[ bonds ]<br>
            &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
            &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N<br>
            &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>
            &nbsp;<br>
            &nbsp;[ dihedrals ]<br>
            &nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp; +CA <br>
            &nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp; +H</font></div>
        <div><font size="3">&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp; +H</font></div>
        <div><font size="3"><br>
          </font></div>
        <div><font size="3">Would it be correct? I got the charge of H
            atom by assuming the total charge of formyl is zero.</font></div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Only if you think the carbonyl group forming an amide bond consists
    only of atoms with equivalent electronegativity. Any model that does
    not have partial negative charge on the oxygen will be not worth the
    time to write down.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <blockquote type="cite">
      <div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:14pt;">
        <div><font size="3"><br>
          </font></div>
        <div><font size="3"><br>
          </font></div>
        <div><font size="3"><br>
          </font></div>
        <div><font size="3"><br>
          </font></div>
        <div><font size="3"><br>
          </font></div>
        <div><font size="3">Sincerely,<br>
            Shima</font><br>
        </div>
        <div style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:14pt;">
          <div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt;">
            <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2">
                <hr size="1"> <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b>
                Justin A. Lemkul <a rel="nofollow" class="yiv2137420137moz-txt-link-rfc2396E" ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank" href="mailto:jalemkul@vt.edu">&lt;jalemkul@vt.edu&gt;</a><br>
                <b><span style="font-weight:bold;">To:</span></b>
                Discussion list for GROMACS users
                <a rel="nofollow" class="yiv2137420137moz-txt-link-rfc2396E" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</a> <br>
                <b><span style="font-weight:bold;">Sent:</span></b>
                Sunday, May 13, 2012 9:40 PM<br>
                <b><span style="font-weight:bold;">Subject:</span></b>
                Re: [gmx-users] Fatal error: No atoms found in .rtp file
                in residue pairs<br>
              </font> </div>
            <br>
            <br>
            <br>
            On 5/13/12 12:42 PM, Shima Arasteh wrote:<br>
            &gt; OK, so I entered the H atom corresponding to the
            structure and then changed the<br>
            &gt; file as below,<br>
            &gt;<br>
            &gt; [ For ]<br>
            &gt; [ atoms ]<br>
            &gt; ; name type charge charge group<br>
            &gt; C CTL1 0.5700 0<br>
            &gt; O O -0.5700 0<br>
            &gt; H HC 0.00 0<br>
            &gt;<br>
            <br>
            I find it highly unlikely that a zero charge should be
            assigned to this proton. <br>
            &nbsp; The .itp file you posted before from SwissParam was for
            formaldehyde, which <br>
            suggests to me you haven't properly parameterized the
            species you're looking for <br>
            and now you're trying to hack something together.&nbsp; Don't try
            to do that; your <br>
            parameters will be junk.&nbsp; Parameterize the right species
            once and proceed from <br>
            there.<br>
            <br>
            &gt; [angles ]<br>
            &gt; ai aj ak<br>
            &gt; O C +N<br>
            &gt; O C H<br>
            &gt;<br>
            &gt; [ bonds ]<br>
            &gt; C O<br>
            &gt; C +N<br>
            &gt; C H<br>
            &gt;<br>
            &gt; [ dihedrals ]<br>
            &gt; O C +N +CA<br>
            &gt; H C +N +H<br>
            &gt;<br>
            <br>
            There are other possible dihedrals here.<br>
            <br>
            -Justin<br>
            <br>
            &gt;<br>
            &gt;<br>
            &gt;
--------------------------------------------------------------------------------<br>
            &gt; *From:* Justin A. Lemkul &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank" href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
            &gt; *To:* Discussion list for GROMACS users &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
            &gt; *Sent:* Sunday, May 13, 2012 8:36 PM<br>
            &gt; *Subject:* Re: [gmx-users] Fatal error: No atoms found
            in .rtp file in residue pairs<br>
            &gt;<br>
            &gt;<br>
            &gt;<br>
            &gt; On 5/13/12 11:43 AM, Shima Arasteh wrote:<br>
            &gt;&nbsp; &gt; Again thanks for all your replies.<br>
            &gt;&nbsp; &gt; As I got through your advices, I found that the
            atoms contribute in making bonds<br>
            &gt;&nbsp; &gt; and angles in a residue , or make dihedrals in a
            residue ( or with atoms in next<br>
            &gt;&nbsp; &gt; ones) plus the charge of a the residue should be
            defined properly in .rtp files<br>
            &gt;&nbsp; &gt; to define the new residue in aminoacid.rtp file
            of CHARMM36 force field.<br>
            &gt;&nbsp; &gt; So I arranged this lines to define formyl in .rtp
            file. And I got the topology.<br>
            &gt;&nbsp; &gt; But there are some questions for me here:<br>
            &gt;&nbsp; &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; 1. How can I be sure the formyl which I defined
            is correct? Is getting the<br>
            &gt;&nbsp; &gt; topology is enough to be sure of the correct
            output?<br>
            &gt;&nbsp; &gt;<br>
            &gt;<br>
            &gt; It is incorrect. As I said before, a formyl group is an
            aldehyde and has an H<br>
            &gt; atom attached to C, e.g. -CH(=O). At present, you are
            defining a -C=O group<br>
            &gt; with an incomplete carbon valence.<br>
            &gt;<br>
            &gt; <a rel="nofollow" class="yiv2137420137moz-txt-link-freetext" target="_blank" href="http://en.wikipedia.org/wiki/Aldehyde">http://en.wikipedia.org/wiki/Aldehyde</a><br>
            &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; The .rtp file for formyl is as below:<br>
            &gt;&nbsp; &gt; [ For ]<br>
            &gt;&nbsp; &gt; [ atoms ]<br>
            &gt;&nbsp; &gt; ; name type charge chargegroup<br>
            &gt;&nbsp; &gt; C CTL1 0.5700 0<br>
            &gt;&nbsp; &gt; O O -0.5700 0<br>
            &gt;&nbsp; &gt; [angles ]<br>
            &gt;&nbsp; &gt; ai aj ak<br>
            &gt;&nbsp; &gt; O C +N<br>
            &gt;&nbsp; &gt; [ bonds ]<br>
            &gt;&nbsp; &gt; C O<br>
            &gt;&nbsp; &gt; C +N<br>
            &gt;&nbsp; &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; [ dihedrals ]<br>
            &gt;&nbsp; &gt; O C +N +CA<br>
            &gt;&nbsp; &gt;<br>
            &gt;<br>
            &gt; Aside from the missing atom (and resulting missing
            bonds, angles, and dihedral),<br>
            &gt; the format of this entry is OK.<br>
            &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; 2. There are lots of numbers in .itp file which I
            got through the swissparam.<br>
            &gt;&nbsp; &gt; But I think the charge of atoms may be useful in
            this file and also I can just<br>
            &gt;&nbsp; &gt; find the atoms contribute in bonds and angles
            and.... . Am I right? Or I may get<br>
            &gt;&nbsp; &gt; some other useful information which I can get
            through the files of swissparam?<br>
            &gt;&nbsp; &gt;<br>
            &gt;<br>
            &gt; If the existing bonded parameters for each interaction
            type (in ffbonded.itp)<br>
            &gt; are sufficient for defining these interactions, then
            you can omit the content of<br>
            &gt; the .itp file you've been using in the .rtp entry and
            rely on the force field to<br>
            &gt; look up those values. There may be some interactions
            that are not in agreement<br>
            &gt; (or do not exist), in which case you need to either
            define these parameters in<br>
            &gt; the .rtp entry itself or in ffbonded.itp so that they
            will be detected by grompp<br>
            &gt; later.<br>
            &gt;<br>
            &gt; -Justin<br>
            &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; Thanks in advance, and sorry for disturbing you
            friends.<br>
            &gt;&nbsp; &gt; Shima<br>
            &gt;&nbsp; &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt;
--------------------------------------------------------------------------------<br>
            &gt;&nbsp; &gt; *From:* Justin A. Lemkul &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank" href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>
            &lt;mailto:<a rel="nofollow" ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank" href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; *To:* Discussion list for GROMACS users &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
            &gt; &lt;mailto:<a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; *Sent:* Saturday, May 12, 2012 10:12 PM<br>
            &gt;&nbsp; &gt; *Subject:* Re: [gmx-users] Fatal error: No atoms
            found in .rtp file in<br>
            &gt; residue pairs<br>
            &gt;&nbsp; &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; On 5/12/12 1:37 PM, Justin A. Lemkul wrote:<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt; On 5/12/12 1:32 PM, Shima Arasteh wrote:<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; Dear gmx users,<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; I want to simulate a peptide in water.
            The peptide has a formyl residue as the<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; N-terminus. I got the parameters of it
            and then add it to the .rtp file of<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; charmm36.ff as below:<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; [ For ]<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; [ atoms ]<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; ; name type charge chargegroup<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; C C 0.4500 0<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; O O -0.5700 0<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; [ bonds ]<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; ; ai aj fu b0 kb, b0 kb<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; 1 2 1 0.12220 779866.6 0.12220 779866.6<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; [ pairs ]<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; ; ai aj fu<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; [ angles ]<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; ; ai aj ak fu th0 kth ub0 kub th0 kth
            ub0 kub<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; 2 1 3 1 123.4390 403.48 123.4390 403.48<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; 2 1 4 1 123.4390 403.48 123.4390 403.48<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; [ dihedrals ]<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; ; ai aj ak al fu phi0 kphi mult phi0
            kphi mult<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; But when I do what I described, I face
            this fatal error:<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; Fatal error:<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; No atoms found in .rtp file in residue
            pairs<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt; Would you help me with this problem? Did
            I add the formyl in a wrong way?<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;&gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt; Your [pairs] directive is empty, hence the
            error. Your [dihedrals] directive<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt; will also produce the same error. There are
            no possible pairs in a unit<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt; containing so few atoms, so you don't even
            need this. You may need to define<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt; dihedrals, however, but they also depend
            upon the next residue.<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt; You also have several other mistakes:<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt; 1. A formyl group has a proton on it; yours
            has none<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt; 2. Your net charge on the formyl group is
            not zero, though this may or may not<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt; be a consequence of point #1<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt; 3. There is no connectivity information for
            linking to the next residue, which<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt; will mean the formyl group will not be
            chemically bonded. This also affects<br>
            &gt; your<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt; dihedrals.<br>
            &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; Another that I just caught as I hit send:<br>
            &gt;&nbsp; &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; 4. In your [bonds] and [angles] directives, you
            use atom numbers - they should<br>
            &gt;&nbsp; &gt; be names<br>
            &gt;&nbsp; &gt;<br>
            &gt;&nbsp; &gt; -Justin<br>
            &gt;<br>
            &gt;<br>
            <br>
          </div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="yiv2137420137mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

</div><br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br> </div>
 </div>  </div></div></div><br><br> </div> </div>  </div></body></html>