<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt"><div><span>Dear gmx users,</span></div><div><br><span></span></div><div><span>I changed the aminoacids.rtp file recently.</span></div><div><span>Now, when I run pdb2gmx, I get the fatal error:</span></div><div><span><br></span></div><div><span>atom H is missing in residue For 0 in the pdb file<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; You might need to add atom H to the hydrogen database of building block For<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; in the file aminoacids.hdb</span></div><div><br><span></span></div><div><span>-Is it may as a result of some problems in .rtp file? <br></span></div><div><span>-May I use -missing option and get a appropriate output? As I see in manual, I can use this option when I want to</span> generate specialized topologies for amino acid-like molecules to take advantage of .rtp entries.
 The part which I entered in .rtp file is a formyl as the N-terminal for the protein. I guess I can use -missing option, Can't I?</div><div><br></div><div>&nbsp;</div><div>Sincerely,<br>Shima</div></div></body></html>