<div dir="ltr"><div>Dear Users,</div><div> </div><div>I am simulation bilayer composed of 81 DOPC and 21 cardiolipin (CL) in a box size 6*6*20 (nm^3). For making this system I used DOPC system with a zero surface tension and then I replaced each DOPC with one CL.</div>
<div> </div><div>Now, I got strange result, after long run, some of lipid (most of them are cardiolipin) fly away from bilayer and come inside the water. </div><div> </div><div>Does anybody know what is the problem? How should I fix my system?</div>
<div> </div><div>I am using Coarse grained model using MARTINI force field.</div><div> </div><div>Thanks,</div><div>Dariush  <br clear="all"></div><div> </div><div><br>-- <br></div><div dir="ltr"><div>Kind Regards,<br>Dariush Mohammadyani<br>
Department of Structural 
Biology<br>University of Pittsburgh School of Medicine<br>Biomedical Science 
Tower 3<br>3501 Fifth Avenue<br>Pittsburgh, PA 15261<br>USA</div></div><br>
</div>