Hi Gromacs Friends ..<br><br>I am using TFE (Trifluro Ethanol ) as a solvent for my simulation study..<br>I am using G96 53a6 ff <br><br>After the genbox -cp .. -cs tef.pdb -o mix.pdb <br><br>I count the no of solvent molecule , to update <br>
topology ..<br><br>after Grompp I am facing following error <br>grompp -f minim.mdp -c mix.pdb -o em.tpr -p final.top<br><br><br>ERROR 1 [file topol-tef.itp, line 46]:<br>  No default Proper Dih. types<br><br>Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;Protein&#39;<br>
Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;SOL&#39;<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 4.5.4<br>Source code file: /build/buildd/gromacs-4.5.4/src/kernel/grompp.c, line: 1372<br>
<br>Fatal error:<br>There was 1 error in input file(s)<br>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
-------------------------------------------------------<br><br><br>I checked the topology for TFE, Dihedral section is as follow ...<br><br><br><b><br>[ dihedrals ]<br>;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3            c4            c5<br>
    1     2     3     4     1    gd_24<br>    2     3     4     5     1    </b><br><br><br><br> So what to resolve the problem ..<br> All suggestions are welcome...<br><br>I will be a very greatfull to help ....<br>Thank you in advance.....<br>
<br><br>