Hi Gromacs Users ,<br>   I simulated a  4 peptide in a box .<br> After completion of 30 ns simulattion , I extract <br>the particular time frame 29000 ps of my interest.<br> Now I want these  frame for  my next simulations <br>
study ..<br>In one simulation I want to keep the box size same as the <br>mentioned in extracted pdb  and in another one  I need to change the size of box to <br>70 70 70  <br><br><br>
REMARK    GENERATED BY TRJCONV<br>
TITLE     Protein in water t= 29000.00000<br>
REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX<br>
CRYST1   45.096   45.096   45.096  90.00  90.00  90.00 P 1           1<br>
MODEL        1<br>
<br>  So  my queries are like <br><br>1. Should I used the extracted frame directly for further study or <br>    I need to remove the periodicity...??????<br><br> 2 . to change the box size how to proceed ??<br>         Should I delete the line manually and adjust the box size????<br>
<br><br>All suggestion are welcome ...<br><br><br>Than you in advance<br><br>rama david   <br>       <br><br><br><br><br><br>