Dear Justin,<br><br>I pulled my ligad away of 6nm from the protein and obtained beautiful and smooth curve of PMF using 28 windows. Starting from zero kcal/mol corresponding to app 0.3 nm then minima and curve increase till my plateau which starts from app 1 nm - then I have nearly straight line till 6.3 nm.<br>
My question: Can I decrease pulling distance to save time for the future simualtions with this system in terms of number of water molecules? Shall I just pull it away of 2-3 nm and I will obtain the same deltaG?<br><br>Steven<br>
<br><br>