Respected sir,<br><br> I am studying about micelle formation .. After setting box and adding water i went for energy minimization and then went for nvt equilibration for 1ns. when i visualized my nvt.pdb file, i found that my protein comes together and formed  three micelle like structure. but  my box got separated. i dono why i got two separate box.<br>
<br>can anyone tell me why this occurs.. <br><br>i tried many times.. but still i am getting the same..<br><br>but i already performed dynamics for 30 monomers.. that time it went well.. now i am getting my output like this..<br>
<br>i checked the system temperature.. its in equilibrium at 299.9k.<br><br>please help me with your answer..<br><br>Thanking you.<br><br> <br>