<div><font><font face="trebuchet ms,sans-serif">Hi,</font></font></div><div><font><font face="trebuchet ms,sans-serif">For the simulation of a Protein ligand complex, i obtained the itp topology of the ligand from PRODRG 2 server and i ran the simulation of the complex a year back using GROMOS united atom force field by -ff gmx option in GROMACS 3.3 according to the Drg enzyme tutorial</font></font></div>

<div><font><font face="trebuchet ms,sans-serif">now i am unable to run the same protein ligand complex with the recent itp file obtained from the Current PRODRG server for the same ligand, i am getting error ATOM type CR1 not found in GROMACS 4.0.5. I am sure version of gromacs doesnt create any problem.</font></font></div>

<div><font face="Trebuchet MS">Also i am getting atom mismatch error if i change the ATOM type to CR61, and i completely checked this number of atoms mismatch is only due to the .itp file included in prt.top.</font></div>

<div><font><font face="trebuchet ms,sans-serif">Thanks to justin for saying me about the problems in PRODRG topology, and suggesting to do improvements in the topology file for GROMOS force field, But i am totally confused how to edit the itp file. Before i used to include .itp file in .top file and add the residue number as DRG 1. now how to edit the .itp file, Somebody please help me</font></font></div>

<font><font face="trebuchet ms,sans-serif"><div><br clear="all"></div></font><div></div></font><div><br>-- <br></div><div><font face="comic sans ms,sans-serif"></font>-- <br><div><font face="comic sans ms,sans-serif"></font> <span style="font-family:Georgia;font-size:13px"><b><div style="clear:none;display:inline!important">

<img style="border-width: 0px; vertical-align: middle;" border="0" src="http://www.sfast.dk/gif/elefanter2/39.gif" width="178" height="223"></div></b></span><span style="color:rgb(51,0,153);font-family:georgia,serif"><b><font size="6">Keep Enjoying !!!</font></b></span></div>

<div><font size="4" face="georgia, serif"><br></font></div><div style="font-family:verdana,sans-serif"><b><font>Yours Sincerely,</font></b></div><div style="font-family:verdana,sans-serif"><b><font>B. Sarath Kumar, M.S (By Research),<br>

Tissue Culture and Drug Discovery Lab,<br>Centre for Biotechnology,<br>Anna University, Chennai.</font></b></div></div><br>