Dear Gmx Users,<br><br>My system consists of a tube which is representated by atoms which are not connected via bonds. The terminals of the tube are on the edge of the box. I try to run minimization and get an error of many &quot;water molecule cannot be settled&quot;. I observed EM with nstxout = 1 and using VMD I observed that mentioned water atoms collide with NA ions. These water molecules are not trapped inside of my tube but outside. Why gromacs put water molecules like this and by replacement of ions these collisions appear? Do you have any solution for this?<br>
<br>Another thing: How can I select all the atoms inside my tube? I know g_select but no clue how to define criteria.<br><br>Thank you,<br><br>Steven<br>