<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 17, 2012 at 2:06 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
<br>
On 5/17/12 9:00 AM, Steven Neumann wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
<br>
On Thu, May 17, 2012 at 11:52 AM, Javier Cerezo &lt;<a href="mailto:jcb1@um.es" target="_blank">jcb1@um.es</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jcb1@um.es" target="_blank">jcb1@um.es</a>&gt;&gt;<div class="im"><br>
wrote:<br>
<br>
    genbox calculates overlaps based on vdW radii as included in vdwradii.dat in<br>
    the topology folder. Increase the vdW radii of carbons to avoid water to<br>
    closer that you want. Other possibilities are patiently removing undesired<br>
    waters by hand after solvation or using a &quot;ad-hoc&quot; script.<br>
<br>
    Javier<br>
<br>
<br>
Thank you Javier. Can you please explain what is ad-hoc script and where I can<br>
find it?<br>
<br>
</div></blockquote>
<br>
The term &quot;ad hoc&quot; simply means something designed for a specific task, i.e. a script you would write yourself.<br>
<br>
The logic behind such a script is discussed in the following wiki page, though it is designed for membrane solvation and you would have to amend it considerably to suit your purpose.<br>
<br>
<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Membrane_Simulations" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/How-tos/<u></u>Membrane_Simulations</a><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>

<br>
-Justin<br></font></span></blockquote><div><br><br>Thank you. Ok, I added the residues and atoms to vdwradii.dat with higher vdw radius as I created my own atoms belonging to the tube. Without vdwradii.dat containing atoms of my tube 10 000 water molecules were added (denity app 1000 g/L). Using the vdwradii.dat app 6000 water molecules were added decreasing density of water obviosuly.<br>
My question: Are distances between water molecules will be affected or just between my Tube atoms (specified in vdwradii.dat) and water molecules as the number of water molecules decreased rapidly?<br><br>Steven<br><br></div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul, Ph.D.<br>
Research Scientist<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>