Hi ALL,<div><br></div><div>I am running a protein+lipid+water+ions simulation using GROAMCS4.5.5 (compiled with intel compilers on RedHat OS). The EM, NVT and few thousand steps of NPT ran fine beforw throwing up the following error:<div>
<br></div><div>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------</div><div><div>Not all bonded interactions have been properly assigned to the domain decomposition cells</div>
<div><br></div><div>A list of missing interactions:</div><div>                Bond of  36787 missing      2</div><div>                 U-B of  70200 missing      3</div><div>         Proper Dih. of 124764 missing      6</div>
<div>               LJ-14 of  98070 missing     12</div><div>          exclusions of 277654 missing      9</div><div><br></div><div>-------------------------------------------------------</div><div>Program mdrun_mpi, VERSION 4.5.5</div>
<div>Source code file: domdec_top.c, line: 173</div><div><br></div><div>Software inconsistency error:</div><div>Some interactions seem to be assigned multiple times</div><div>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</div>
<div>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></div></div><div>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------</div>
</div><div><br></div><div>Why is this error coming? Is it a bug?</div><div>Any suggestion is welcome.</div><div><br></div><div>Thanks and regards,</div><div><br></div><div>Anirban</div>