<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 18, 2012 at 12:38 PM, Javier Cerezo <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jcb1@um.es" target="_blank">jcb1@um.es</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Steven<br>
    <br>
    You&#39;ve tried with &quot;constraints = none&quot;, but that still keeps
    constraints over water molecules through SETTLE algorithm. Maybe you
    can try a minimization with &quot;define = -DFLEXIBLE&quot; to remove settle
    over water and then try again a constraint (settle) minimization.<br>
    <br>
    Javier<br></div></blockquote><div><br>Awesome! Thank you Javier, that really helped!!!!<br><br>Steven<br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <br>
    El 18/05/12 12:58, Steven Neumann escribió:
    <div><div class="h5"><blockquote type="cite">Dear Gmx Users,<br>
      <br>
      My system consists of a Tube made of Oxygen, Hydrogen and ions.
      These atoms are not connected via bonds. I try tu run EM:<br>
      <br>
      ; minim.mdp - used as input into grompp to generate em.tpr<br>
      ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save<br>
      <br>
      integrator    = steep    ; Algorithm (steep = steepest descent
      minimization)<br>
      emtol        = 1000.0      ; Stop minimization when the maximum
      force &lt; 1000.0 kJ/mol/nm<br>
      emstep        = 0.001 <br>
      nsteps        = 50000    ; Maximum number of (minimization) steps
      to perform<br>
      nstxout     = 1<br>
      ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and
      how to calculate the interactions<br>
      nstlist    = 1        ; Frequency to update the neighbor list and
      long range forces<br>
      ns_type    = grid        ; Method to determine neighbor list
      (simple, grid)<br>
      rlist        = 1.4        ; Cut-off for making neighbor list
      (short range forces)<br>
      coulombtype    = PME        ; Treatment of long range
      electrostatic interactions<br>
      rcoulomb    = 1.4        ; Short-range electrostatic cut-off<br>
      rvdw        = 1.4        ; Short-range Van der Waals cut-off<br>
      pbc        = xyz         ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)<br>
      <br>
      freezegrps = TUB<br>
      freezedim  = Y Y Y<br>
      <br>
      <br>
      Then a lot of errors &quot;water molecule on atom X cannot be settled&quot;.
      I tried:<br>
      <br>
      1. constraints = none<br>
      <br>
      2. remove those water molecules - then other water molecules have
      the same error<br>
      <br>
      3. using nstxout =1 in VMD, I could observe that some of the
      molecules facing this error split in one frame (hydrogens 7A away
      from oxygen) or spin around 180 degrees - it depends.<br>
      <br>
      4. I tried increase vdwradii of the atoms which form my Tube so
      they wont overlap with water<br>
      <br>
      <br>
      If you have any suggestions I will really appreciate,<br>
      <br>
      Steven<br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    </div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>-- <br>
      Javier CEREZO BASTIDA<br>
      PhD Student<br>
      Physical Chemistry<br>
      Universidad de Murcia<br>
      Murcia (Spain)<br>
      Tel: <a href="tel:%28%2B34%29868887434" value="+34868887434" target="_blank">(+34)868887434</a>
    </div>
  </font></span></div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>