<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 18/05/2012 2:52 AM, francesco oteri wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAFQcp-O_KK4K=CHWVM5qR3YcmR2ULWUYvjDsrA87+XzbTYVOTQ@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear gromacs users,&nbsp;
      <div>I am trying to port a set of charm parameter in gromacs.&nbsp;</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I am using the script <a moz-do-not-send="true"
          href="http://convert_charmm_to_gromacs.pl">convert_charmm_to_gromacs.pl</a>
        contained in the file&nbsp;charmm_to_gromacs.tgz&nbsp;(<a
          moz-do-not-send="true"
          href="http://www.gromacs.org/@api/deki/files/76/=charmm_to_gromacs.tgz">http://www.gromacs.org/@api/deki/files/76/=charmm_to_gromacs.tgz</a>).</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Regarding dihedrals, the entry regarding the file says that
        pdb2gmx cannot</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><span
style="color:rgb(79,107,114);font-family:arial,verdana,helvetica;font-size:12px;line-height:17px;background-color:rgb(255,255,255)">"generate
          multiple periodic dihedral functions such as CHARMM uses for
          some dihedrals -&nbsp;</span></div>
      <div><span
style="color:rgb(79,107,114);font-family:arial,verdana,helvetica;font-size:12px;line-height:17px;background-color:rgb(255,255,255)">these
          must be converted to Ryckaert-Bellemans functions, i.e.
          expressed as a cosine power expansion"</span></div>
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <div>This assumption is no longer valid, is it?</div>
        <div>As far as I know, infact, now gromacs support multiple
          periodic function (funtion 9), is it?</div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Correct, but with the inclusion of native CHARMM27 in GROMACS, I
    have had no reason to upgrade these conversion scripts to support
    function type 9.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>