Hi Gromacs friends ..<br><br><br>I am doing justin Lipid-tutoria on lipid ..<br><br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/01_pdb2gmx.html">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/01_pdb2gmx.html</a><br>
<br>I completed upto the ion addition and energy minimisation..<br>While doing equilibration I stuck with the following problem ..<br>1.  While NVT I found that protein are moving towards water and two layer are getting separated<br>
 2. Running  NPT on the lipid separated layers in nvt.gro  (get from above nvt ) I found that both layer come to close again ...!!!<br>in NPT<br>    <br>So is it right or any wrong happen ??/<br><br>To solve the nvt lipid layer separation problem I am using the following way mentioned by Justin advanced trouble shoot <br>
page...<br>  <br>1.  Use position restrained upto 100000 on lipid phosphate head group in z direction..<br>     IN these case lipid layer still separated by small distance..<br> 2  I change the vanderwall radii to 0.350  and 0.320 (Tutorial mention to 0.375 ) <br>
    to add more water      ..<br>  But in both time at nvt lipid layer get separated <br><br><br><br><br>Please give me valuable suggestion ..<br><br>Thank you in advance..<br><br>With Best wishes,<br>Rama David <br><br>