Hi there,<div><br></div><div>Is there an option in pdb2gmx that when generating the top/itp file, it could show the parameters explicitly? e.g.:</div><div><br></div><div>Instead of:</div><div><div>[ dihedrals ]</div><div>;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3</div>

<div>    5    13    11    12     4 </div><div>   11    15    13    14     4 </div><div>   15    23    21    22     4 </div><div>   21    25    23    24     4 </div><div>   25    32    31    33     4 </div><div><br></div>
<div>
(my hard hand modifications)</div><div><br></div><div><div>[ dihedrals ] ; impropers</div><div>; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function</div><div>;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn</div>

<div>     5     13     11     12      4   180.00  43.93200   2 ;     CA-     N-     C-     O</div><div>    11     15     13     14      4   180.00   4.60240   2 ;      C-    CA-     N-     H</div><div>    15     23     21     22      4   180.00  43.93200   2 ;     CA-     N-     C-     O</div>

<div>    21     25     23     24      4   180.00   4.60240   2 ;      C-    CA-     N-     H</div><div>    25     32     31     33      4   180.00  43.93200   2 ;     CA-   OC1-     C-   OC2</div></div><div><br></div><div>

I mean, if the parameters that are hiding in e.g. ...gromacs/top/amber99sb.ff could be showed in the top/itp file for human readers, that would be great.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Alan</div>

<div><br></div>-- <br>Alan Wilter SOUSA da SILVA, DSc<div>Bioinformatician, UniProt - PANDA, EMBL-EBI<br>CB10 1SD, Hinxton, Cambridge, UK</div><div>+44 1223 49 4588</div><br>
</div>