<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    The actual parameters are listed in the ffbonded.itp file located in

    the folder of the corresponding force field, under [ dihedraltypes ]

    section.<br>

    <br>

    Javier <br>

    <br>

    El 21/05/12 14:43, Alan escribi&oacute;:

    <blockquote

cite="mid:CAEznbznyWgt5NP8MODM_Nn+-KKvTY3Fdore1OLHHQUUEXqo2yw@mail.gmail.com"

      type="cite">Hi there,

      <div><br>

      </div>

      <div>Is there an option in&nbsp;pdb2gmx that when generating the

        top/itp file, it could show the parameters explicitly? e.g.:</div>

      <div><br>

      </div>

      <div>Instead of:</div>

      <div>

        <div>[ dihedrals ]</div>

        <div>; &nbsp;ai &nbsp; &nbsp;aj &nbsp; &nbsp;ak &nbsp; &nbsp;al funct &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;c0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;c1 &nbsp;

          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;c2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;c3</div>

        <div>&nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp;13 &nbsp; &nbsp;11 &nbsp; &nbsp;12 &nbsp; &nbsp; 4&nbsp;</div>

        <div>&nbsp; &nbsp;11 &nbsp; &nbsp;15 &nbsp; &nbsp;13 &nbsp; &nbsp;14 &nbsp; &nbsp; 4&nbsp;</div>

        <div>&nbsp; &nbsp;15 &nbsp; &nbsp;23 &nbsp; &nbsp;21 &nbsp; &nbsp;22 &nbsp; &nbsp; 4&nbsp;</div>

        <div>&nbsp; &nbsp;21 &nbsp; &nbsp;25 &nbsp; &nbsp;23 &nbsp; &nbsp;24 &nbsp; &nbsp; 4&nbsp;</div>

        <div>&nbsp; &nbsp;25 &nbsp; &nbsp;32 &nbsp; &nbsp;31 &nbsp; &nbsp;33 &nbsp; &nbsp; 4&nbsp;</div>

        <div><br>

        </div>

        <div>

          (my hard hand modifications)</div>

        <div><br>

        </div>

        <div>

          <div>[ dihedrals ] ; impropers</div>

          <div>; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER

            analytical function</div>

          <div>; &nbsp; &nbsp;i &nbsp; &nbsp; &nbsp;j &nbsp; &nbsp; &nbsp;k &nbsp; &nbsp; &nbsp;l &nbsp; func &nbsp; phase &nbsp; &nbsp; kd &nbsp; &nbsp; &nbsp;pn</div>

          <div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp; 13 &nbsp; &nbsp; 11 &nbsp; &nbsp; 12 &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; 180.00 &nbsp;43.93200 &nbsp; 2

            ; &nbsp; &nbsp; CA- &nbsp; &nbsp; N- &nbsp; &nbsp; C- &nbsp; &nbsp; O</div>

          <div>&nbsp; &nbsp; 11 &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp; 13 &nbsp; &nbsp; 14 &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; 180.00 &nbsp; 4.60240 &nbsp; 2

            ; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C- &nbsp; &nbsp;CA- &nbsp; &nbsp; N- &nbsp; &nbsp; H</div>

          <div>&nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp; 23 &nbsp; &nbsp; 21 &nbsp; &nbsp; 22 &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; 180.00 &nbsp;43.93200 &nbsp; 2

            ; &nbsp; &nbsp; CA- &nbsp; &nbsp; N- &nbsp; &nbsp; C- &nbsp; &nbsp; O</div>

          <div>&nbsp; &nbsp; 21 &nbsp; &nbsp; 25 &nbsp; &nbsp; 23 &nbsp; &nbsp; 24 &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; 180.00 &nbsp; 4.60240 &nbsp; 2

            ; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C- &nbsp; &nbsp;CA- &nbsp; &nbsp; N- &nbsp; &nbsp; H</div>

          <div>&nbsp; &nbsp; 25 &nbsp; &nbsp; 32 &nbsp; &nbsp; 31 &nbsp; &nbsp; 33 &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; 180.00 &nbsp;43.93200 &nbsp; 2

            ; &nbsp; &nbsp; CA- &nbsp; OC1- &nbsp; &nbsp; C- &nbsp; OC2</div>

        </div>

        <div><br>

        </div>

        <div>

          I mean, if the parameters that are hiding in e.g.

          ...gromacs/top/amber99sb.ff could be showed in the top/itp

          file for human readers, that would be great.</div>

        <div><br>

        </div>

        <div>Thanks,</div>

        <div><br>

        </div>

        <div>Alan</div>

        <div><br>

        </div>

        -- <br>

        Alan Wilter SOUSA da SILVA, DSc

        <div>Bioinformatician, UniProt - PANDA, EMBL-EBI<br>

          CB10 1SD, Hinxton, Cambridge, UK</div>

        <div>+44 1223 49 4588</div>

        <br>

      </div>

      <br>

      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

    <div class="moz-signature">-- <br>

      Javier CEREZO BASTIDA<br>

      PhD Student<br>

      Physical Chemistry<br>

      Universidad de Murcia<br>

      Murcia (Spain)<br>

      Tel: (+34)868887434

    </div>

  </body>

</html>