<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">After generating my protein .gro and .top files and doing the initial energy minimization, I used the following series of commands:<br><br>editconf -f protein-vacuum.gro -o protein-PBC.gro -bt dodecahedron -d 1.2<br><br>genbox -cp protein-PBC.gro -cs spc216.gro -p protein.top -o protein-water.gro
<br><br>I then use editconf to convert protein-water.gro to a pdb file. When I open this<br>file in PyMol, the water box is cubic rather than dodecahedral.<br><br>Has any one else encountered this?<br><br>Thanks.<br></td></tr></table>