Thank you Justin for these correct explanation <br>Its really clear my lot of queries..<br><div class="gmail_quote"><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div><div>For the tutorial, NPT is conducted with restraints on all protein heavy atoms.  The production runs are conducted by restraining only one chain for practical reasons.<br></div></div>

</blockquote><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">These is my question ;<br></blockquote><div>If we are doing NPT with restraints on all protein atom and production run by conducted by restraining only one chain for protein...<br>
<br>means NPT and productin run mdp files should be different , Where these information in mdp files???<br>It my request to you please tell me why these mdp files are almost same in parameter ..<br><br>(Where you mentioned in mdp for npt to do restraints on all proteins heavy atoms and for production md restraining only <br>
one chain ..)<br>
<br><br><br>Please accept my apology if I unable to explain you my problem <br><br><br><br>Thank you in advance ...<br><br>With best wishes,<br>Rama david <br><br>
</div></div>