<div> </div><div>Hi Rama,</div><div> </div><div>Thanks for your quick reply. </div><div><div class="gmail_quote"><div> </div><div><font size="1">Catenate two trajectory with help of trjcat -h  <br><br>to get snapshot of particular time use trjconv -dump &lt;time&gt;<br>
use appropriate pbc option <br>
</font></div><div><font size="1"><font>I have also used trjconv with -dump and -pbc nojump options, but still I have same problem.<br></font><br>you are using -b 10000 -e 10000<br><br>means the snapshot at 10 ns </font></div>
<div><font size="1"></font> </div><font size="1"></font></div><div class="gmail_quote"><font size="1"><font>No, it is the snapshot at 20ns. (the confusion comes from the file names.)</font><div><br>So I think conf20.gro is snapshot at 20 ns  so they may differ ...<br>
<br></div></font><div><font size="1">With Best Wishes,<br>Rama David <br></font></div><font size="1"></font></div>
</div><div>I am so confused with this problem...</div><div> </div><div>Turgay</div><div> </div><div> </div><div> </div>