<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 24, 2012 at 5:24 PM, Turgay Cakmak <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:turgaycakmak34@gmail.com" target="_blank">turgaycakmak34@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div> </div><div><font face="Times New Roman" size="3">

</font><span lang="EN-US"><font face="Calibri"><span lang="EN-US"><font size="3">Hi Gromacs
users,</font></span></font></span></div><font face="Calibri"><p style="margin:0cm 0cm 10pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font size="3">I have a
problem getting a snapshots using trjconv. If you could help me, I would be
very grateful. Below, I try to explain what I did and problem happened.</font></span></p><div style="margin:0cm 0cm 10pt" class="MsoNormal"><font face="Times New Roman" size="3">

</font></div><div style="margin:0cm 0cm 10pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font size="3">Firstly, I
have done 10ns long simulation (several peptides in a box). And then, using the
outputs of that simulation (conf10ns.gro and 10ns.cpt files), I extend the
simulation 10 ns more and I get conf20ns.gro, trj20ns.xtc,….</font></span></div><div style="margin:0cm 0cm 10pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font size="3"></font></span> </div><div style="margin:0cm 0cm 10pt" class="MsoNormal">

<span lang="EN-US"><font size="3">Then I used
the following to get snapshot of the last frame.</font></span></div><p style="margin:0cm 0cm 10pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font size="3">trjconv –f traj20ns.xtc –s topol.tpr –b 10000 –e
10000 –o snapshot20ns.gro      (</font></span><span lang="EN-US"><font size="3">Note:
 traj20ns.xtc is not a full trajectory, it just a trajectory of second
10ns simulation)</font></span></p><p style="margin:0cm 0cm 10pt" class="MsoNormal"><font face="Times New Roman" size="3">

</font></p><p style="margin:0cm 0cm 10pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font size="3">When I
looked these two files (conf20ns.gro and snapshot20ns.gro) at the VMD, they
were completely different configurations. As far as I know, the last frame is
written in conf20ns.gro. So they must be the same. What is wrong here?</font></span></p><p style="margin:0cm 0cm 10pt" class="MsoNormal"><font face="Times New Roman" size="3">

</font><span lang="EN-US"><font size="3">By the way,
I defined dt=0,002, nstxout=1000 and nsteps=5000000 in my mdp file. </font></span></p><div style="margin:0cm 0cm 10pt" class="MsoNormal"><font face="Times New Roman" size="3">

</font></div><div style="margin:0cm 0cm 10pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font size="3">Thanks in
advance,</font></span></div><p style="margin:0cm 0cm 10pt" class="MsoNormal"><font face="Times New Roman" size="3">
</font><span lang="EN-US"><font size="3">Turgay</font></span></p></font></blockquote><div><br>Catenate two trajectory with help of trjcat -h  <br><br>to get snapshot of particular time use trjconv -dump &lt;time&gt;<br>use appropriate pbc option <br>
<br><br>you are using -b 10000 -e 10000<br><br>means the snapshot at 10 ns <br>So I think conf20.gro is snapshot at 20 ns  so they may differ ...<br><br><br>With Best Wishes,<br>Rama David <br></div></div>