Dear Gmx Users,<br><br>I want to use distance restraints of 3 atoms which belong to 3 different proteins. For this purpose I want to create one topology so one moleculetype: <br><br>I tried to use pdb2gmx -chainsep ter (where i put TER after each chain in my PDB)<br>
<br>But 3 separate topologies were created. <br><br>I want to adjust proper charges for each teraminals but pdb2gmx without -chainsep will treat it as a one molecule.<br><br>Please help.<br><br>Steven<br><br><br>