Thank you justin..<br>I solve script problem..<br><br> I have another query ..<br> As mention in tutorial , In step six , we have to do brief NPT equilibration <br> npt_umbrella.mdp link is  <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/umbrella/Files/npt_umbrella.mdp">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/umbrella/Files/npt_umbrella.mdp</a><br>
 After these we have to run MD ...mdp file link is <br> <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/umbrella/Files/md_umbrella.mdp">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/umbrella/Files/md_umbrella.mdp</a><br>
<br><br>1.  In both case define is same..<br>     In general When we are doing NPT we are position restrain whole protein backbone ,<br>     But in these case we are only restrain chain B...Please explain in detail ...<br>
 <br>2.  The difference in mdp file is at gen_vel, and  run time 100 ps for  npt , 10 ns for  md <br>      If both mdp file is same Then why to do separate npt and md <br><br>     ( Is the only reason is to generate velocity in npt simulation ???  Why we are not using velocity from <br>
         pull <i>(step five)</i>   ) <br><br>3 . If we are using the gen_vel = yes <br>      continuation                = yes <br>     <br>      If continuation is yes, then why gen_vel is yes ????<br><br>Please shade some light on meaning of continuation and gen_vel <br>
<br><br>Thank you in advance<br><br> <br>With Best Wishes,<br>Rama David <br>