
<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>

</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1">

<div style="direction: ltr;font-family: Calibri;color: #000000;font-size: 12pt;">

<br>

<div><br>

</div>

<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">

<hr tabindex="-1">

<div style="direction: ltr;" id="divRpF641025"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> gmx-users-bounces@gromacs.org [gmx-users-bounces@gromacs.org] on behalf of Seera Suryanarayana [palusoori@gmail.com]<br>

<b>Sent:</b> Friday, May 25, 2012 6:23 AM<br>

<b>To:</b> gmx-users@gromacs.org<br>

<b>Subject:</b> [gmx-users] Regarding error<br>

</font><br>

</div>

<div></div>

<div>Dear all gromacs users,<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; While i am using the commond&quot; pdb2gmx -f 4E82.pdb -o 4E82.gro -p 4E82.top&quot;.I am getting the following warnings and errors.<br>

<br>

<br>

<br>

Warning: Residue EME21 in chain has different type (Other) from starting residue ALA1 (Protein).<br>

Warning: Residue ILE22 in chain has different type (Protein) from starting residue ALA1 (Protein).<br>

Warning: Residue SER23 in chain has different type (Protein) from starting residue ALA1 (Protein).<br>

Warning: Residue GLY24 in chain has different type (Protein) from starting residue ALA1 (Protein).<br>

Warning: Residue ARG25 in chain has different type (Protein) from starting residue ALA1 (Protein).<br>

More than 5 unidentified residues at end of chain - disabling further warnings.<br>

Identified residue CYS20 as a ending terminus.<br>

8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully<br>

Special Atom Distance matrix:<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CYS3&nbsp;&nbsp;&nbsp; CYS5&nbsp;&nbsp; CYS10&nbsp;&nbsp; CYS20&nbsp;&nbsp; CYS30<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SG18&nbsp;&nbsp;&nbsp; SG36&nbsp;&nbsp;&nbsp; SG75&nbsp;&nbsp; SG144&nbsp;&nbsp; SG228<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; CYS5&nbsp;&nbsp;&nbsp; SG36&nbsp;&nbsp; 0.834<br>

&nbsp;&nbsp; CYS10&nbsp;&nbsp;&nbsp; SG75&nbsp;&nbsp; 0.936&nbsp;&nbsp; 1.000<br>

&nbsp;&nbsp; CYS20&nbsp;&nbsp; SG144&nbsp;&nbsp; 0.833&nbsp;&nbsp; 0.203&nbsp;&nbsp; 0.935<br>

&nbsp;&nbsp; CYS30&nbsp;&nbsp; SG228&nbsp;&nbsp; 0.856&nbsp;&nbsp; 0.827&nbsp;&nbsp; 0.200&nbsp;&nbsp; 0.788<br>

&nbsp;&nbsp; CYS31&nbsp;&nbsp; SG234&nbsp;&nbsp; 0.202&nbsp;&nbsp; 0.860&nbsp;&nbsp; 0.783&nbsp;&nbsp; 0.820&nbsp;&nbsp; 0.734<br>

Linking CYS-3 SG-18 and CYS-31 SG-234...<br>

Linking CYS-5 SG-36 and CYS-20 SG-144...<br>

Linking CYS-10 SG-75 and CYS-30 SG-228...<br>

Start terminus ALA-1: NH3&#43;<br>

End terminus CYS-20: COO-<br>

<br>

Fatal error:<br>

Residue 'EME' not found in residue topology database.<br>

<br>

<br>

<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#Residue_%27XXX%27_not_found_in_residue_topology_database" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#Residue_%27XXX%27_not_found_in_residue_topology_database</a><br>

<br>

Jan<br>

<br>

Kindly tell me how to over come this error.<br>

<br>

Suryanarayana Seera,<br>

PhD student,<br>

Hyderabad,<br>

India.<br>

<br>

</div>

</div>

</div>

</body>

</html>