probably means your trajectory is not continuous enough. I saw the same thing when I try to &quot;fit&quot; an ensemble trajectory, which each frame is not from the previous one. Or if your first frame in your trajectory is not &quot;good looking(or having good rmsd to your target structure)&quot;, fit option cannot fit the rest to such starting structure.<br>

<br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 19, 2012 at 4:32 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div>On 20/01/2012 7:55 AM, Yun Shi wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi all,<br>
<br>
I am doing duplicate MD simulations with a protein-ligand system.<br>
<br>
After processing one trajectory by trjconv with the optioin -pbc nojump, I still find abrupt jumps (on the scale of nm) in RMSDs and COM distances.<br>
<br>
Then I tried -pbc mol -ur compact, which did not work. And then -fit progressive on protein atoms, which again did not completely eliminate those jumps in protein atom RMSDs.<br>
<br>
I wonder if I have not used the right option?<br>
</blockquote>
<br></div></div>
There&#39;s a suggested workflow here <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Periodic_Boundary_Conditions" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/Terminology/<u></u>Periodic_Boundary_Conditions</a> which you can adapt to your needs.<span><font color="#888888"><br>



<br>
Mark<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></span></blockquote></div><br>