ied with DESMOND<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 25, 2012 at 10:38 PM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send gmx-users mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
        <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-owner@gromacs.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of gmx-users digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today&#39;s Topics:<br>
<br>
   1. Re: Re: One molculetype for 3 proteins (Tsjerk Wassenaar)<br>
   2. Re: One molculetype for 3 proteins (Francesca)<br>
   3. Re: FCC lattice of argon (Dr. Vitaly V. Chaban)<br>
   4. Re: ptn ptn interaction (Justin A. Lemkul)<br>
   5. Re: Simulation protocol for Protein-DNA-complex (Justin A. Lemkul)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Fri, 25 May 2012 15:47:20 +0200<br>
From: Tsjerk Wassenaar &lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com" target="_blank">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Re: One molculetype for 3 proteins<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:CABzE1SjQ-7g5vY%2BZjca4G6pbmNbw2y8eaG4zG4eBzLhqCsONLg@mail.gmail.com" target="_blank">CABzE1SjQ-7g5vY+Zjca4G6pbmNbw2y8eaG4zG4eBzLhqCsONLg@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
Hi Steven,<br>
<br>
There will be three dihedrals spanning a break. Make sure to remove all of<br>
them. Of course pdb2gmx shouldn&#39;t just connect the chain ends... Maybe you<br>
can file it as a bug.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<br>
On May 25, 2012 3:11 PM, &quot;Steven Neumann&quot; &lt;<a href="mailto:s.neumann08@gmail.com" target="_blank">s.neumann08@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
Yes, it works (-chainsep interactive: merge = yes ) but when you process to<br>
grompp there is an error:<br>
<br>
Unknown cmap torsion between atoms 6002 6004 6006 6017 6021<br>
<br>
pdb2gmx takes the cmap for the atoms e.g. last two residues of chain A with<br>
first three residues of chain B. Removing these lines does not solve the<br>
problem. Any suggestions appreciated!<br>
<br>
<br>
<br>
On Fri, May 25, 2012 at 9:57 AM, Steven Neumann &lt;<a href="mailto:s.neumann08@gmail.com" target="_blank">s.neumann08@gmail.com</a>&gt;wrote:<br>
<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; On Thu, May 24, 2012 at 10:04 PM, Francesca &lt;<br>
&gt; <a href="mailto:francesca.stanzione@unina.it" target="_blank">francesca.stanzione@unina.it</a>&gt; wrote: &gt;&gt; &gt;&gt; I checked ...<br>
&gt;<br>
&gt; Yes, it works (-chainsep interactive: merge = no ) but when you process to<br>
&gt; grompp there is an error:<br>
&gt;<br>
&gt; Unknown cmap torsion between atoms 6002 6004 6006 6017 6021<br>
&gt;<br>
&gt; pdb2gmx takes the cmap for the atoms e.g. last two residues of chain A<br>
&gt; with first three residues of chain B. Does removing this lines will be<br>
&gt; reasonable or some torsions wont be taken into account?<br>
&gt;<br>
&gt; Steven<br>
&gt;<br>
&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; -- &gt;&gt; View this message in context:<br>
&gt; <a href="http://gromacs.5086.n6.nabble.com/One-molculetype-for-3." target="_blank">http://gromacs.5086.n6.nabble.com/One-molculetype-for-3.</a>..<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at<br>
<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20120525/026e0e93/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20120525/026e0e93/attachment-0001.html</a><br>


<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Fri, 25 May 2012 09:47:38 -0700 (PDT)<br>
From: Francesca &lt;<a href="mailto:francesca.stanzione@unina.it" target="_blank">francesca.stanzione@unina.it</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] Re: One molculetype for 3 proteins<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:1337964458119-4997773.post@n6.nabble.com" target="_blank">1337964458119-4997773.post@n6.nabble.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=us-ascii<br>
<br>
if you create a bond you need to have angle, tortion etc...<br>
Maybe when you processed pb2gmx it create a bond between the 799 and 801.<br>
Francesca<br>
<br>
--<br>
View this message in context: <a href="http://gromacs.5086.n6.nabble.com/One-molculetype-for-3-proteins-tp4997727p4997773.html" target="_blank">http://gromacs.5086.n6.nabble.com/One-molculetype-for-3-proteins-tp4997727p4997773.html</a><br>


Sent from the GROMACS Users Forum mailing list archive at Nabble.com.<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Fri, 25 May 2012 12:56:08 -0400<br>
From: &quot;Dr. Vitaly V. Chaban&quot; &lt;<a href="mailto:vvchaban@gmail.com" target="_blank">vvchaban@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] Re: FCC lattice of argon<br>
To: ahmed sta &lt;<a href="mailto:ahmedsta6600@yahoo.fr" target="_blank">ahmedsta6600@yahoo.fr</a>&gt;<br>
Cc: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:CAPXdD%2BZQyUkcLqs1YquQ7eA3SkZMMSYC-TgsXF4oQgctBcW1Mw@mail.gmail.com" target="_blank">CAPXdD+ZQyUkcLqs1YquQ7eA3SkZMMSYC-TgsXF4oQgctBcW1Mw@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<br>
<br>
Ahmed -<br>
<br>
This is *YOUR* research, not mine. I believe I have given you enough<br>
hints to succeed.<br>
<br>
<br>
Dr. Vitaly V. Chaban, 430 Hutchison Hall<br>
Dept. Chemistry, University of Rochester<br>
120 Trustee Road, Rochester, NY 14627-0216<br>
THE UNITED STATES OF AMERICA<br>
<br>
<br>
<br>
On Fri, May 25, 2012 at 12:51 PM, ahmed sta &lt;<a href="mailto:ahmedsta6600@yahoo.fr" target="_blank">ahmedsta6600@yahoo.fr</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Can you help me please<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks for all<br>
&gt;<br>
&gt; ________________________________<br>
&gt; De : Dr. Vitaly V. Chaban &lt;<a href="mailto:vvchaban@gmail.com" target="_blank">vvchaban@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt; À : ahmed sta &lt;<a href="mailto:ahmedsta6600@yahoo.fr" target="_blank">ahmedsta6600@yahoo.fr</a>&gt;<br>
&gt; Cc : <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; Envoyé le : Vendredi 25 mai 2012 17h33<br>
&gt; Objet : Re: Re : Re : Re : Gromacs<br>
&gt;<br>
&gt; Sure, possible.<br>
&gt;<br>
&gt; But if you want to type the coordinates for FCC lattice using 500<br>
&gt; atoms by hand, that&#39;s indeed cool.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Fri, May 25, 2012 at 11:31 AM, ahmed sta &lt;<a href="mailto:ahmedsta6600@yahoo.fr" target="_blank">ahmedsta6600@yahoo.fr</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt; I thought that it is possible to use text editor in order to fix the<br>
&gt;&gt; geometry, isn&#39;t it?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ________________________________<br>
&gt;&gt; De : Dr. Vitaly V. Chaban &lt;<a href="mailto:vvchaban@gmail.com" target="_blank">vvchaban@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt; À : ahmed sta &lt;<a href="mailto:ahmedsta6600@yahoo.fr" target="_blank">ahmedsta6600@yahoo.fr</a>&gt;<br>
&gt;&gt; Cc : <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; Envoyé le : Vendredi 25 mai 2012 18h15<br>
&gt;&gt; Objet : Re: Re : Re : Gromacs<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Writing your program has nothing to do with gromacs. If you do not<br>
&gt;&gt; have experience in programming by far, it may be faster to use the<br>
&gt;&gt; second route. But of you still want to generate a program yourself, I<br>
&gt;&gt; am delighted to direct your attention to the PYTHON, <a href="http://python.org" target="_blank">python.org</a>,<br>
&gt;&gt; programming language.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I am aware of some commercial software like MedeA and (perhaps?)<br>
&gt;&gt; Materials Studio, capable to generate molecular configurations of<br>
&gt;&gt; various symmetries. Maybe, someone in the gromacs mailing list can<br>
&gt;&gt; suggest a free alternative as well.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Fri, May 25, 2012 at 11:05 AM, ahmed sta &lt;<a href="mailto:ahmedsta6600@yahoo.fr" target="_blank">ahmedsta6600@yahoo.fr</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt; Well i see<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I think that writing my own program would be better and more accurate<br>
&gt;&gt;&gt; How should i proceed ?<br>
&gt;&gt;&gt; it is my first use of Gromacs and i do not know how to do<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Regards<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; ________________________________<br>
&gt;&gt;&gt; De : Dr. Vitaly V. Chaban &lt;<a href="mailto:vvchaban@gmail.com" target="_blank">vvchaban@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; À : ahmed sta &lt;<a href="mailto:ahmedsta6600@yahoo.fr" target="_blank">ahmedsta6600@yahoo.fr</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Cc : <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt;&gt; Envoyé le : Vendredi 25 mai 2012 17h58<br>
&gt;&gt;&gt; Objet : Re: Re : Gromacs<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; If you want a solid system, where atoms are arranged as in FCC, this<br>
&gt;&gt;&gt; is another talk.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; There two way to achieve your goal. Either --<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; 1) you write a simple program which places argon atoms as in FCC.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; OR<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; 2) you try to freeze my system into your system using simulated<br>
&gt;&gt;&gt; annealing implemented in gromacs. Provided that argon is a pretty<br>
&gt;&gt;&gt; simple system, this should not take too much time. At least, I can say<br>
&gt;&gt;&gt; that our students get it (216 atoms) freezed during one laboratory<br>
&gt;&gt;&gt; work.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; BTW, there is no guarantee that the freezing point of the classical<br>
&gt;&gt;&gt; argon model is perfectly reproduced. My guess is based on the fact<br>
&gt;&gt;&gt; that the density of the liquid phase (in the NPT ensemble) is not<br>
&gt;&gt;&gt; ideal.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Dr. Vitaly V. Chaban, 430 Hutchison Hall<br>
&gt;&gt;&gt; Dept. Chemistry, University of Rochester<br>
&gt;&gt;&gt; 120 Trustee Road, Rochester, NY 14627-0216<br>
&gt;&gt;&gt; THE UNITED STATES OF AMERICA<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; On Fri, May 25, 2012 at 10:44 AM, ahmed sta &lt;<a href="mailto:ahmedsta6600@yahoo.fr" target="_blank">ahmedsta6600@yahoo.fr</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Sorry. My aim is to model FCC Argon (not liquid state) and i am trying<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; to<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; define that geometry<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Can you help me please?<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Regards<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; ________________________________<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; De : Dr. Vitaly V. Chaban &lt;<a href="mailto:vvchaban@gmail.com" target="_blank">vvchaban@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; À : ahmed sta &lt;<a href="mailto:ahmedsta6600@yahoo.fr" target="_blank">ahmedsta6600@yahoo.fr</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Cc : <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Envoyé le : Vendredi 25 mai 2012 17h36<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Objet : Re: Gromacs<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Dear Ahmed -<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; I do not understand how you imagine &quot;FCC geometry&quot; in the liquid state<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; of matter.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; If you want to just resize my system, use the standard &quot;genbox&quot;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; utility and then re-equilibrate at the desired temperature and density<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; (if you want to fix density, of course).<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Dr. Vitaly V. Chaban, 430 Hutchison Hall<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Dept. Chemistry, University of Rochester<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; 120 Trustee Road, Rochester, NY 14627-0216<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; THE UNITED STATES OF AMERICA<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; On Fri, May 25, 2012 at 10:30 AM, ahmed sta &lt;<a href="mailto:ahmedsta6600@yahoo.fr" target="_blank">ahmedsta6600@yahoo.fr</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;     Dear Vitaly<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; I am an engineer student and i am now trying to use Gromacs<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; I found your Argon molecule defined topology created in May 2009<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; I want to ask you how to define my own geometry on Gromacs<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; In fact i am trying to define liquid Argon system with a density<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; equilibrated at 90K. My system should have a FCC geometry and<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; containing<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; for<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; example 500 atoms<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; I really need your help<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Best regards<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Ahmed Sta<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Ensta Paristech engineering school<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="mailto:ahmedsta6600@yahoo.fr" target="_blank">ahmedsta6600@yahoo.fr</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Dr. Vitaly V. Chaban, 430 Hutchison Hall<br>
&gt; Dept. Chemistry, University of Rochester<br>
&gt; 120 Trustee Road, Rochester, NY 14627-0216<br>
&gt; THE UNITED STATES OF AMERICA<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Fri, 25 May 2012 09:30:45 -0400<br>
From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] ptn ptn interaction<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4FBF8985.6040200@vt.edu" target="_blank">4FBF8985.6040200@vt.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
On 5/25/12 3:19 AM, rethina malliga wrote:<br>
<br>
&gt;     On 5/24/12 7:43 AM, rethina malliga wrote:<br>
&gt;      &gt; Hi,<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; I tried protein protein simulation in gromacs.<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; I prepared one ptn and kept seperately with its .top, .itp, .gro files.<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; Then I prepared another protein and I build the complex of pasting the<br>
&gt;     .gro file<br>
&gt;      &gt; of first processed protein in the .gro file of second processed ptn.<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; In the topol.top  of second protein I included the molecule type at the<br>
&gt;     bottom<br>
&gt;      &gt; and inserted<br>
&gt;      &gt;    ;Include ligand topology<br>
&gt;      &gt;    #include &quot;posre.itp&quot;<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;<br>
&gt;     Be careful about name clashes here - the first protein (by default) will have a<br>
&gt;     file named &quot;posre.itp&quot; that will be applied to it.  If you use the same name for<br>
&gt;     different files, you&#39;ll probably get other errors.  I find it useful to call<br>
&gt;     everything based on specific names, like &quot;posre_proteinA.itp&quot; or something<br>
&gt;     similar.<br>
&gt;<br>
&gt;      &gt; And i run succeccfully the newbox generation, solvent adding commands.<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; But with the ions adding command it shows fatal error that the atoms in<br>
&gt;      &gt; topol.top and solv.gro is different.<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; `Fatal error:<br>
&gt;      &gt; number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 231262)<br>
&gt;      &gt;               does not match topology (topol.top, 237548)<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; on analysing the difference between two files i come to know that it is<br>
&gt;     taking<br>
&gt;      &gt; the atoms of first protein for the second protein though i named first and<br>
&gt;      &gt; second proteins different.<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;<br>
&gt;     After you added the second protein, did you correctly update the [molecules]<br>
&gt;     section of the topology?<br>
&gt;<br>
&gt;      &gt; I changed the residue information in .gro of first file to 1LIG and change<br>
&gt;      &gt; everything regarding second molecules name as 1LIG<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;<br>
&gt;     Unless your protein residues are all called LIG, then this is not appropriate.<br>
&gt;<br>
&gt;      &gt; and after retrying the ions adding command it says no such molecule type<br>
&gt;     found.<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; `Fatal error:<br>
&gt;      &gt; No such moleculetype 1LIG<br>
&gt;      &gt; For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>
&gt;      &gt; website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;<br>
&gt;     This comes from incorrect naming.  Updating [molecules] correctly with the name<br>
&gt;     of your second protein [moleculetype] will solve it.  Make sure you make changes<br>
&gt;     to both the coordinate file and topology at all steps - they should always<br>
&gt;     match.<br>
<br>
&gt; Hi Justin,<br>
&gt;<br>
&gt; I tried again with correct namings. If I leave the original name for second<br>
&gt; protein molecule type (Protein_chain_A) unaltered  it shows difference in atoms<br>
&gt; of topol.top and solv.gro. If I alter the molecule type, where ever its instance<br>
&gt; appears it shows molecule type not found.<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks in advance<br>
&gt;<br>
<br>
Please don&#39;t reply to the entire digest message; it becomes hopelessly<br>
confusing.  Your approach of leaving the original names in place is the best way<br>
to proceed.  As for the error that arises about coordinates and topology not<br>
matching, consult this document:<br>
<br>
<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#Number_of_coordinates_in_coordinate_file_does_not_match_topology" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#Number_of_coordinates_in_coordinate_file_does_not_match_topology</a><br>


<br>
The solution is always better bookkeeping.  You may wish to start over, prior to<br>
solvation, and have tools like genbox and genion do all the bookkeeping for you<br>
by invoking the -p flag with each.<br>
<br>&gt;Justin,<br></blockquote><div>   &gt;Hi, </div><div>   &gt;&gt;Sorry for the inconvenience.</div><div>   &gt;Thank you for your reply and will u please advice me protein protein simulation tutorial for gromacs. </div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Fri, 25 May 2012 11:32:12 -0400<br>
From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Simulation protocol for Protein-DNA-complex<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4FBFA5FC.30803@vt.edu" target="_blank">4FBFA5FC.30803@vt.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-15; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
On 5/25/12 10:01 AM, Matthias Ernst wrote:<br>
&gt; Hi,<br>
&gt;<br>
&gt; I have a question regarding simulation of a protein-DNA-complex where the<br>
&gt; protein encloses the DNA double helix. I did not find a tutorial for a system of<br>
&gt; three rather big molecules like these, that&#39;s why I ask. If there is such, I<br>
&gt; would appreciate a hint.<br>
&gt;<br>
<br>
In principle, it is no different from the lysozyme tutorial cited below.  The<br>
workflow starts with pdb2gmx, which can handle all the molecules in the system<br>
(protein and water) and then you solvate, add ions, and simulate.  There&#39;s not<br>
much very special in this case.<br>
<br>
&gt; I want to start with a crystal structure from PDB. When I do the steps in J.<br>
&gt; Lemkuls tutorial &quot;Lysozyme in water&quot;, first thing would be an energy<br>
&gt; minimization in vacuo. Unfortunately, doing this I end up with the two strands<br>
&gt; of the DNA double helix being far away from the protein and seperated from each<br>
&gt; other. Can this result from clashes and therefore high energy in the system that<br>
&gt; allows the DNA strands to move &quot;through&quot; the protein or how else can this<br>
&gt; happen? And how can I prevent this?<br>
&gt;<br>
<br>
I suspect this is more a result of periodicity than anything else.  Depending on<br>
how bad the initial geometry is, this in vacuo minimization may not be<br>
completely necessary.  You can test an in vacuo minimization by using &quot;pbc = no&quot;<br>
and/or setting an unreasonably large box with:<br>
<br>
editconf -f conf.gro -o hugebox.gro -c -d 10<br>
<br>
In this instance, with the protein/DNA complex centered in a huge box, there&#39;s<br>
no way you&#39;ll get breaks across periodic boundaries during EM.<br>
<br>
&gt; I mean, usually the protocol is:<br>
&gt; - minimize system in vacuo<br>
&gt; - add solvent and ions<br>
&gt; - minimize again<br>
&gt; - add thermostat and barostat<br>
&gt; - simulate<br>
&gt; Obviously, I cannot follow this if the first step already does not work. When I<br>
&gt; tried to skip in-vacuo-minimization and to minimize the system in solvent, it<br>
&gt; ended up bei either reaching machine precision without the maximum force being<br>
&gt; small enough or in the simulation, the atom were moving to fast. Would it be a<br>
&gt; good idea to use position restraints for the minimizations? If yes, for which<br>
&gt; part, in which order and in which steps?<br>
&gt;<br>
<br>
Position restraints for EM will likely make the outcome worse, as any necessary<br>
tweaks that may need to happen during EM will be disfavored due to the applied<br>
restraints.  I never use position restraints during EM for similar systems.<br>
Perhaps one can think of instances where some restraints might be useful, but I<br>
don&#39;t think this is one of them.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul, Ph.D.<br>
Research Scientist<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<span><font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 97, Issue 196<br>
******************************************<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Regards,<div>Rethina.<br><br><font color="#c0c0c0">Rethina Malliga Gunasekaran,<br>Department Of BioInformatics,</font><div><font color="#c0c0c0">Science Block,<br>

Alagappa University,<br>Karaikudi – 630 003, India.</font><br><span style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif"><a href="http://alagappauniversity.academia.edu/RethinamalligaGunasekaran/" style="color:rgb(6,88,181)" target="_blank">http://alagappauniversity.academia.edu/RethinamalligaGunasekaran/</a></span></div>

<div><span style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif"><div><blockquote style="border-top-style:none;border-right-style:none;border-bottom-style:none;border-width:initial;border-color:initial;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1pt;padding-top:0cm;padding-right:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">

<div><div><div><div><div><p style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px"><u></u></p></div></div></div></div></div><div><br></div></blockquote></div></span></div></div><br>