<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style></head>
<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>
<br>Hi<br>I am trying to add conect records to a cg trajectory under gromacs 4.5.4 as follows:<br>trjconv -s CONECT.PDB -f traj.xtc -conect&nbsp; -o testconect.pdb<br><br>or with one frame<br><br>trjconv -s CONECT.PDB -f oneframe.pdb -conect&nbsp; -o testconect.pdb<br><br>but dont see any conect records in the output file.<br><br>The conect records are in the input to -s , conect.pdb and in the following format:<br>...<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 4125&nbsp; CA&nbsp; HIS X 173&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 107.816 143.564&nbsp; 71.946&nbsp; 1.00&nbsp; 0<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 4126&nbsp; CA&nbsp; THR X 174&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 110.288 142.372&nbsp; 69.327&nbsp; 1.00&nbsp; 0<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 4127&nbsp; CA&nbsp; LEU X 175&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 111.958 139.227&nbsp; 70.607&nbsp; 1.00&nbsp; 0<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 4128&nbsp; CA&nbsp; GLY X 176&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 108.771 138.107&nbsp; 72.357&nbsp; 1.00&nbsp; 0<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 10<br>CONECT&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 11<br>CONECT&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 12<br>CONECT&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 13<br>CONECT&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 14<br>CONECT&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 15<br>CONECT&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; 16<br>CONECT&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; 17<br>CONECT&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; 18<br>CONECT&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 19<br>CONECT&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 20<br>CONECT&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 21<br>CONECT&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 22<br>...<br><br>What should I do differently to get the conect records in the output file?<br><br><br>Thanks in advance.<br>Vijaya<br>                                               </div></body>
</html>