Dear Gmx Users,<br><br>I am fighting with the position restraints. My system cosnsists of 6 ligands - all of them have the same topology - ligand.itp. I want to:<br><br>1. Run NPT restraining all of ligands (easy: -DPOSRES_L, ifdef POSRE_L, posre ligand1.itp<br>
2. Restrain 5 of them and pull one of them away.<br><br>Here I came across some difficulties. <br><br>I used genrestr -f 6ligands.gro -n index.ndx -o posre1.itp<br><br>and by index files I create an index of the ligands I wan to restrain. Each my ligands has 46 atoms. When I process to grompp:<br>
<br>Atom index (256) in position_restraints out of bounds (1-46).<br>This probably means that you have inserted topology section &quot;position_restraints<br><br>Shall I rename Ligands as different residue names? If my posre includes 1-46 atom all ligands are restraints? How to restrain just 5 out of 6 of them?<br>
<br>Best,<br><br>Steven<br><br><br><br>