Thank you Justin..<br><br><div class="gmail_quote"><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="HOEnZb"><div class="h5"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

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Is these alternative process is right or totally wrong..???<br>
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</blockquote>
<br></div></div>
Using the checkpoint in this instance is wrong.  The only checkpoint you have accessible to you at that point is from the end of the pulling simulation and corresponds to the final state of the system.  Applying these velocities to the intermediate configurations along the reaction coordinate is likely to do weird and unreliable things to the trajectory.  It is more robust to run NPT and then data collection, or as I said before, proceed immediately to a continuous data collection (with gen_vel = yes!) and discard the initial few ns of data as equilibration.  In theory, this procedure is no different than any other simulation that one conducts.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>

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</font></span><br></blockquote></div>Check point file has velocity of the last co-ordinates and we are using middle configuration..<br>Thank you for explaination ...<br><br>I have another query..<br><br>In npt equilibration can I use define = -DPOSRES (Position restrain all the protein along the chain B)<br>
 and in production md define = -DPOSRES_B ( Position restrain for chain B only..)  ???<br><br><br>If not What is appropriate reason???<br><br>Thank you in advance...<br><br>With Best Wishes,<br>Rama David.<br><br><br>