Dear all gromacs users,<br>                        <br>                        I tried the  &quot;grompp -c 3I40_ion.gro -p 3I40.top -o 3I40_b4em.tpr -f em.mdp&quot; and i got the following error.     <br><div id=":14i">       <br>
<br><br>Option     Filename  Type         Description<br>------------------------------------------------------------<br>  -f         em.mdp  Input        grompp input file with MD parameters<br> -po      mdout.mdp  Output       grompp input file with MD parameters<br>
  -c   3I40_ion.gro  Input        Structure file: gro g96 pdb tpr etc.<br>  -r       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.<br> -rb       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.<br>
  -n      index.ndx  Input, Opt.  Index file<br>  -p       3I40.top  Input        Topology file<br> -pp  processed.top  Output, Opt. Topology file<br>  -o  3I40_b4em.tpr  Output       Run input file: tpr tpb tpa<br>  -t       traj.trr  Input, Opt.  Full precision trajectory: trr trj cpt<br>
  -e       ener.edr  Input, Opt.  Energy file<br><br>Option       Type   Value   Description<br>------------------------------------------------------<br>-[no]h       bool   no      Print help info and quit<br>-[no]version bool   no      Print version info and quit<br>
-nice        int    0       Set the nicelevel<br>-[no]v       bool   no      Be loud and noisy<br>-time        real   -1      Take frame at or first after this time.<br>-[no]rmvsbds bool   yes     Remove constant bonded interactions with virtual<br>
                            sites<br>-maxwarn     int    0       Number of allowed warnings during input<br>                            processing. Not for normal use and may generate<br>                            unstable systems<br>
-[no]zero    bool   no      Set parameters for bonded interactions without<br>                            defaults to zero instead of generating an error<br>-[no]renum   bool   yes     Renumber atomtypes and minimize number of<br>
                            atomtypes<br><br>Ignoring obsolete mdp entry &#39;cpp&#39;<br><br>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.19#<br>Generated 279 of the 1225 non-bonded parameter combinations<br><br>
-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 4.5.5<br>Source code file: toppush.c, line: 1228<br><br><br><br>Fatal error:<br>moleculetype CU1 is redefined.<br><br>Is there any explanation why is thid happening?<br>

<br>I would appreciate any help. Iam new in using MD and gromac in particular.<br><br>Suryanarayana Seera,<br>PhD student,<br>Hyderabad,<br>India.<br></div>