<br><br><div class="gmail_quote"><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>Thank you Thomas and Justin for your valuable suggestion.<br>Thomas and Justin, my Query is as follow......<br>
<br>In step six ..We are doing NPT equilibration followed by production run....<br>The mdp files for both is same(Except the time of run and saving of output)....<br>
So why the two mdp are same?????  Why we not restrain total protein for NPT equilibration (-DPOSRES) <br>and then only POSRES_B (Position restrain on B chain, remove position restrain from other chain)<br>for production run..(these we follow generally)???  <br>

<br>The main reason of confusion to me is the same mdp file in Equilibration(npt_umbrella.mdp ) <br>and production run (md_umbrella.mdp). So what is the difference between the NPT equilibration <br>and production run.???<br>

<br>As per Thomas explanation I interpret the following Answer to my Queries..<br>Please tell me  these are right or wrong ....<br><br> <br><b><i><div class="im">So if you want to calculate some equilibrium property of a protein in 
water you do<br> first a preperation simulation to equilibrate the system 
(NVE, NVT or NPT - depending <br></div>for what ensemble you want the property).Normally during this you put position restraints <br><div class="im">to the protein 
backbone, so that the protein structure does not gets disturbed during 
the part where you equilibrate the water. but if your protein is fairly 
stable / rigid, you don&#39;t need these restraints.....(Thomas Explanation)</div></i></b><br>my Interpretation is as follow ....<br></blockquote><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
So as the protein is stable thats why we are not using the position restrained in NPT..<br>That is the reason the npt_umbrella.mdp and md_umbrella.mdp looks same.<br>
<br><br><br>Please accept my apology if I interpret any wrong and if unable to explain you my query..<br><br>Thanks to Justin and Thomas for there valuable guidance....<br><br>I will be a very greatfull to you if you help me to solve my simple  query..<br>

<br><br>Thank you in advance...<br><br><br>With Best Wishes,<br>Rama David.<br> <br><br><br><br>
</blockquote></div><br>