<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 18/05/2012 8:02 PM, francesco oteri wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAFQcp-OuO57tKVUh3NNBjLgFW23nR7Gn+AJ8YB+YdH=xexfx7g@mail.gmail.com"
      type="cite">Hi,
      <div>at the link&nbsp;<a moz-do-not-send="true"
          href="http://dl.dropbox.com/u/40545409/charmm2itp.tgz"
          target="_blank">http://dl.dropbox.com/u/40545409/charmm2itp.tgz</a>
        you can find the files I am using</div>
      <div><br>
        Files&nbsp;ffcharmmnb.itp ffcharmmbon.itp have been generated
        through:</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><a moz-do-not-send="true"
          href="http://convert_charmm_to_gromacs.pl/" target="_blank">convert_charmm_to_gromacs.pl</a>&nbsp;par_all36_carb.prm</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>while carbohydrates.rtp and&nbsp;carbohydrates.rtp&nbsp;through a
        script of mine.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Now, if you look at [ dihedraltypes ] section in file
        ffcharmmbon.itp, there are strange things:</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>1) dihedrals defined once, are converted&nbsp;Ryckaert-Bellemans
        form, while the armonic form should be more clear.&nbsp;</div>
      <div>&nbsp; &nbsp; Anyway, it just a matter of style so I dont complan
        about.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>2) dihedrals with multiple definitions ( OC30P CC3162 CC3161
        OC311 at line 598 in file ffcharmmbon.itp, for example) are
        defined as:</div>
      <div>&nbsp; &nbsp;&nbsp;OC30P CC3162 CC3161 OC311 &nbsp; &nbsp; 3 20.92 41.84 16.74 -41.84
        0 0</div>
      <div>; 30P CC3162 CC3161 OC311 &nbsp; &nbsp; 1 180 10.46 1</div>
      <div>; 30P CC3162 CC3161 OC311 &nbsp; &nbsp; 1 0 8.368 2</div>
      <div>; 30P CC3162 CC3161 OC311 &nbsp; &nbsp; 1 0 10.46 3</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>The commented lines clearly display the multiple definition,
        that can be described using function 9</div>
    </blockquote>
    <br>
    ... which didn't exist at the time of my writing of that script, as
    the comments in the script discuss. Hence solution 1), which was
    adequate for the subset of CHARMM27 that was of interest to me.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAFQcp-OuO57tKVUh3NNBjLgFW23nR7Gn+AJ8YB+YdH=xexfx7g@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>3) An other problem rise with impropers dihedrals. Any of
        them are defined as&nbsp;Ryckaert-Bellemans,&nbsp;</div>
      <div>ex. &nbsp;HCA1 CC3161 CC3162 OC311 &nbsp; &nbsp; 3 0.5858 1.757 0 -2.343 0 0</div>
      <div>at line&nbsp;926 of&nbsp;ffcharmmbon.itp</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>while &nbsp; points 1 and 2 don't impact on the correctness of the
        simulation and can be bypassed defining&nbsp;</div>
      <div>[ bondedtypes ] section as following&nbsp;</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;
        0&nbsp;</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Problem 3 cannot be solved without manipulating
        the&nbsp;ffcharmmbon.itp.&nbsp;</div>
      <div>In fact, since some impropers are defined as functiontype 2
        other as functiontype 3,&nbsp;</div>
      <div>so there is not an unique&nbsp;bondedtypes definition covering
        both the definition.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Did I any mistake or actually there is a problem in the
        script? <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    IIRC CHARMM36 is more recent than that script, so the assumptions
    made by the script for CHARMM27 may not be applicable. If CHARMM36
    uses more than one kind of improper dihedral, then I would not
    expect the script to function correctly in this regard. You would
    need to modify the script or its output.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAFQcp-OuO57tKVUh3NNBjLgFW23nR7Gn+AJ8YB+YdH=xexfx7g@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div><br>
      </div>
      <div>Francesco</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <br>
      <div class="gmail_quote">2012/5/18 Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a
            moz-do-not-send="true" href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au"
            target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span><br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
          <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
            <div>
              <div> On 18/05/2012 2:52 AM, francesco oteri wrote:
                <blockquote type="cite">Dear gromacs users,&nbsp;
                  <div>I am trying to port a set of charm parameter in
                    gromacs.&nbsp;</div>
                  <div><br>
                  </div>
                  <div>I am using the script <a moz-do-not-send="true"
                      href="http://convert_charmm_to_gromacs.pl"
                      target="_blank">convert_charmm_to_gromacs.pl</a>
                    contained in the file&nbsp;charmm_to_gromacs.tgz&nbsp;(<a
                      moz-do-not-send="true"
                      href="http://www.gromacs.org/@api/deki/files/76/=charmm_to_gromacs.tgz"
                      target="_blank">http://www.gromacs.org/@api/deki/files/76/=charmm_to_gromacs.tgz</a>).</div>
                  <div><br>
                  </div>
                  <div>Regarding dihedrals, the entry regarding the file
                    says that pdb2gmx cannot</div>
                  <div><br>
                  </div>
                  <div><span
style="line-height:17px;color:rgb(79,107,114);font-size:12px;font-family:arial,verdana,helvetica">"generate

                      multiple periodic dihedral functions such as
                      CHARMM uses for some dihedrals -&nbsp;</span></div>
                  <div><span
style="line-height:17px;color:rgb(79,107,114);font-size:12px;font-family:arial,verdana,helvetica">these

                      must be converted to Ryckaert-Bellemans functions,
                      i.e. expressed as a cosine power expansion"</span></div>
                  <div><br>
                  </div>
                  <div>
                    <div>This assumption is no longer valid, is it?</div>
                    <div>As far as I know, infact, now gromacs support
                      multiple periodic function (funtion 9), is it?</div>
                    <br>
                  </div>
                </blockquote>
                <br>
              </div>
            </div>
            Correct, but with the inclusion of native CHARMM27 in
            GROMACS, I have had no reason to upgrade these conversion
            scripts to support function type 9.<span><font
                color="#888888"><br>
                <br>
                Mark<br>
              </font></span></div>
          <br>
          --<br>
          gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
          <a moz-do-not-send="true"
            href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
            target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
          Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
          before posting!<br>
          Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
          www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
          Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <br clear="all">
      <div><br>
      </div>
      -- <br>
      Cordiali saluti, Dr.Oteri Francesco<br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>