<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div style="RIGHT: auto"><SPAN style="RIGHT: auto">Dear Justin,</SPAN></div>
<div style="RIGHT: auto"><SPAN style="RIGHT: auto"></SPAN>&nbsp;</div>
<div style="RIGHT: auto"><SPAN style="RIGHT: auto">Thank you very much for the reply</SPAN></div>
<div style="RIGHT: auto"><SPAN style="RIGHT: auto"></SPAN>&nbsp;</div>
<div style="RIGHT: auto"><SPAN style="RIGHT: auto">Sogol<VAR id=yui-ie-cursor></VAR></SPAN></div>
<div><BR></div>
<DIV style="FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; FONT-SIZE: 12pt">
<DIV style="FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; FONT-SIZE: 12pt">
<DIV dir=ltr><FONT size=2 face=Arial>
<DIV style="BORDER-BOTTOM: #ccc 1px solid; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; PADDING-BOTTOM: 0px; LINE-HEIGHT: 0; MARGIN: 5px 0px; PADDING-LEFT: 0px; PADDING-RIGHT: 0px; HEIGHT: 0px; FONT-SIZE: 0px; BORDER-TOP: #ccc 1px solid; BORDER-RIGHT: #ccc 1px solid; PADDING-TOP: 0px" class=hr contentEditable=false readonly="true"></DIV><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">From:</SPAN></B> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">To:</SPAN></B> Kowsar Bagherzadeh &lt;kw_bagherzadeh@yahoo.com&gt;; Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Sent:</SPAN></B> Monday, May 28, 2012 6:06 PM<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Subject:</SPAN></B> Re: [gmx-users] comparing simulations with diffrent forcefields<BR></FONT></DIV><BR><BR><BR>On 5/28/12 7:07 AM, Kowsar Bagherzadeh wrote:<BR>&gt; Dear users,<BR>&gt; I have done a Ligand-Protein Simulation using 43a1.ff forcefield
 and<BR>&gt; ssDNA-Protein (the same protein I used for ligand protein simulation) using<BR>&gt; amber99sd-ILDN forcefield. Is it possible to compare the results of the two<BR>&gt; simulation with eachother? No?<BR><BR>Maybe it's possible, but there will be a lot of caveats to the results.&nbsp; You may know of some intrinsic limitations or benefits of each force field that may explain away discrepancies, but the real complication comes with the ligand. How did you generate its parameters?&nbsp; Do you know exactly how those parameters will affect the local dynamics of the residues in which it makes contact?&nbsp; Do you know the equivalent result using a suitable Amber force field?&nbsp; If the answer to any of these questions is no, you'll have a hard time convincing a reviewer that your comparison is very meaningful.<BR><BR>Net result: choose a force field, and use it for all simulations you wish to compare.&nbsp; It is substantially easier than
 trying to wiggle your way into a potentially incomplete or incorrect interpretation of the results.<BR><BR>-Justin<BR><BR>-- ========================================<BR><BR>Justin A. Lemkul, Ph.D.<BR>Research Scientist<BR>Department of Biochemistry<BR>Virginia Tech<BR>Blacksburg, VA<BR>jalemkul[at]<A href="http://vt.edu/" target=_blank>vt.edu</A> | (540) 231-9080<BR>http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<BR><BR>========================================<BR><BR><BR></DIV></DIV></div></body></html>