<div dir="ltr"><br><br><div class="gmail_quote">2012/6/4 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="im"><br>
<br>
On 6/4/12 2:59 PM, Shay Teaching wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear Gromacs users,<br>
<br>
I want to write new analyses for gromacs and compile it (so I&#39;ll have<br>
g_whatever) as part of the gromacs package.<br>
Per the instructions I found on gromacs website, I installed kdevelop and opened<br>
the gromacs as a project using kdevelop. However I have two questions:<br>
1) When I try to compile gromacs source, through kdevelop, I get a &quot;permission<br>
denied&quot; error. I think it is because gromacs installation requires root<br>
privileges. Any suggestions on how to bypass that, so I won&#39;t have to use<br>
kdevelop as root (which is a *really* bad idea)? (e.g., installing gromacs<br>
without root?)<br>
</blockquote>
<br></div>
Assuming you&#39;re trying to compile template.c in some system-level directory, you&#39;re certain to run into that problem.  Compile in a different location.</blockquote><div>Actually, I tried installing Gromacs to my home directory, not system directory. You&#39;re saying that I&#39;m not supposed to encounter this error? <br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
2) Are there any guidelines for writing new g_whatever analyses? Or any general<br>
suggestions on how to approach it?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Write good code? ;)  I don&#39;t really know what you&#39;re asking here, but if you want pointers for writing code, you&#39;ll need to at least state what you&#39;re doing.<br></blockquote><div>Write good code of course :-)<br>
What I mean is: Is there a proper list of gromacs functions used for &#39;common&#39; operations? (such as, reading from trajectory, reading index file, documentation of types and data structures for dealing with gromacs trajectory: atom, molecule, their input and output, etc.)<br>
Of course I&#39;ll open existing analyses, and see how its done there (g_mindist, g_rms..) but it would be useful to have like... a list of methods so I won&#39;t waste time on stuff that&#39;s already been dealt with. <br>
<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<br>
-Justin<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul, Ph.D.<br>
Research Scientist<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>