I am trying to simulate a system with a phosphorylated threonine residue using Gromacs 4.5.5. I took the parameters for the TPO residue from the gromos43a1p force field and added them to the gromos43a1 force field, following the steps as provided on the Gromacs website. I then successfully completed the following steps.<br>
<br>$bin/pdb2gmx -ignh -ff gromos43a1 -f odh.pdb -o odh.pdb -p odh.top -water spce<br>$bin/editconf -bt octahedron -f odh.pdb -o odh-b4sol.pdb -d 1.0<br>$bin/genbox -cp odh-b4sol.pdb -cs spc216.gro -o odh-b4ion.pdb -p odh.top<br>
$bin/grompp -f em.mdp -c odh-b4ion.pdb -p odh.top -o ion.tpr -maxwarn 5<br>$bin/genion -s ion.tpr -o odh-b4em.pdb -neutral -conc 0.15 -p odh.top -g ion.log<br>$bin/grompp -f em.mdp -c odh-b4em.pdb -p odh.top -o em.tpr -maxwarn 5<br>
<br>I then tried to carry out the energy minimization (the em.mdp file is attached)<br><br>$bin/mdrun -v -deffnm em<br><br>Only to encounter the following error<br><br>Fatal error:<br>6 particles communicated to PME node 4 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.<br>
This usually means that your system is not well equilibrated.<br><br>Repeating the command causes different numbers of particles to be included in the error. I have attached a log file from mdrun. I repeated all steps with the same protein except with a THR in place of the TPO and found no errors. The initial structure had been minimized in CHARMM, so I downloaded the original pdb and tested it, only to find the same error. I then tried simulating a single TPO with the same set of steps (the editconf command option -d 1.0 was changed to 5.0) and found the same error. I then tried using the gromos43a1p force field more directly. I used the gromos43a1 .hdb (and added an entry for TPO) and .atp files 
in place of the the ones found in the gromos43a1p directory because of 
previously discussed issues with the format. I also added the ions.itp, 
spce.itp, and ff_dum.itp to the  directory. However, after inputting the same commands and using the single TPO residue, I received the same error.<br><br>Alex Cumberworth<br>