<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 5/06/2012 6:46 PM, Laurence Leherte wrote:

    <blockquote cite="mid:4FCDC74B.1020400@fundp.ac.be" type="cite">

      <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

        http-equiv="Content-Type">

      Hello,<br>

      <br>

      Thank you very much for your reply.&nbsp; I actually carried out very

      basic MDs of a peptide in vacuum (no pbc, cut-off for

      electrostatics and vdw = "infinity", niter = 10^6). The computing

      results are given in the two tables below.&nbsp; As they are identical,

      I am assuming that there is only one neighbor list that is created

      for the calculation of both the electrostatic and vdW

      interactions.</blockquote>

    <br>

    Those settings trigger a different kind of non-bonded kernel from

    ones normally used in explicit solvent calculations. These kernels

    apparently don't bother to construct Q-only or LJ-only versions.

    It's probably not worthwhile for only a handful of atoms in the

    whole system.<br>

    <br>

    <blockquote cite="mid:4FCDC74B.1020400@fundp.ac.be" type="cite">&nbsp;

      Since I want to calculate all vdW terms, I suppose that all

      Coulomb terms are automatically calculated too.&nbsp; Am I right ?<br>

      <br>

      <br>

      What if I create a group with all the nul-charge atoms and, by

      some means (e.g., a different fudgeQQ value - or something else-

      for that group ???), avoid to compute the electrostatic

      interactions with all the other charges particules ?&nbsp; <br>

      <br>

      <br>

      Similarly to the problem I reported in my mail, I also want to add

      some kind of charged virtual sites.&nbsp; In that case, those sites

      should not contribute to the vdW interactions of the system.&nbsp; I

      found no problem at all to define such virtual sites and to carry

      out MD simulations, but I suspect vdW terms to be calculated even

      if epsilon and sigma are set equal to zero for such "particles".<br>

    </blockquote>

    <br>

    Yes, but the whole thing is so cheap it's not worth thinking about.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote cite="mid:4FCDC74B.1020400@fundp.ac.be" type="cite">

      Thank you in advance for any help<br>

      <br>

      Laurence<br>

      <br>

      <br>

      <br>

      For the regular MD (all atoms bear a non-zero charge) :<br>

      <font face="Courier New, Courier, monospace">Computing:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        M-Number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; M-Flops&nbsp; % Flops<br>

-----------------------------------------------------------------------------<br>

        &nbsp;All-vs-All, Coul + LJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19404.019404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        737352.737&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72.1<br>

        &nbsp;Outer nonbonded loop&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 197.000197&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        1970.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2<br>

        &nbsp;1,4 nonbonded interactions&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 518.000518&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        46620.047&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.6<br>

        &nbsp;Bonds&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 105.000105&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        6195.006&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6<br>

        &nbsp;Angles&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 363.000363&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        60984.061&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.0<br>

        &nbsp;Propers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 674.000674&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        154346.154&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.1<br>

        &nbsp;Virial&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.200242&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        435.604&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>

        &nbsp;Stop-CM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.700197&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        197.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>

        &nbsp;Calc-Ekin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 197.000394&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        5319.011&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>

        &nbsp;Lincs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 96.000288&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        5760.017&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6<br>

        &nbsp;Lincs-Mat&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 468.001404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        1872.006&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2<br>

        &nbsp;Constraint-V&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 192.000384&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        1536.003&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2<br>

        &nbsp;Constraint-Vir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.600096&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        230.402&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>

-----------------------------------------------------------------------------<br>

        &nbsp;Total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        1022818.053&nbsp;&nbsp; 100.0</font><br>

      <br>

      <br>

      For the modified system (most of the atoms, i.e. 169 over 197,

      bear a nul charge) :<br>

      <font face="Courier New, Courier, monospace">Computing:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        M-Number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; M-Flops&nbsp; % Flops<br>

-----------------------------------------------------------------------------<br>

        &nbsp;All-vs-All, Coul + LJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19404.019404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        737352.737&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72.1<br>

        &nbsp;Outer nonbonded loop&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 197.000197&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        1970.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2<br>

        &nbsp;1,4 nonbonded interactions&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 518.000518&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        46620.047&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.6<br>

        &nbsp;Bonds&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 105.000105&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        6195.006&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6<br>

        &nbsp;Angles&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 363.000363&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        60984.061&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.0<br>

        &nbsp;Propers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 674.000674&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        154346.154&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.1<br>

        &nbsp;Virial&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.200242&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        435.604&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>

        &nbsp;Stop-CM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.700197&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        197.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>

        &nbsp;Calc-Ekin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 197.000394&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        5319.011&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>

        &nbsp;Lincs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 96.000288&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        5760.017&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6<br>

        &nbsp;Lincs-Mat&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 468.001404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        1872.006&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2<br>

        &nbsp;Constraint-V&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 192.000384&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        1536.003&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2<br>

        &nbsp;Constraint-Vir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.600096&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        230.402&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>

-----------------------------------------------------------------------------<br>

        &nbsp;Total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        1022818.053&nbsp;&nbsp; 100.0<br>

-----------------------------------------------------------------------------</font><br>

      <br>

      <br>

      <br>

      <br>

      On 04/06/2012 16:37, Mark Abraham wrote:

      <blockquote cite="mid:4FCCC829.3040609@anu.edu.au" type="cite">On

        5/06/2012 12:08 AM, Laurence Leherte wrote: <br>

        <blockquote type="cite">Dear Gromacs users, <br>

          <br>

          I am using the Amber99 FF in MD simulations of peptides (and

          proteins). In a first stage to the design a different charge

          distribution, most of the atomic charges were set equal to

          zero (i.e., all charges but the C and O backbone atoms). <br>

          It appeared that the calculation times observed for the

          original all-atom charges and the modified system are similar.

          <br>

          <br>

          My question is thus the following one.&nbsp; In order to save

          calculation time (and whatever the FF is), how is it possible

          to avoid that the atoms bearing a nul charge are considered in

          electrostatic calculations ?&nbsp; I should specify here that I

          want these atoms to be considered in the vdW non-bonding

          interactions. <br>

        </blockquote>

        <br>

        IIRC GROMACS neighbour searching already identifies atoms with

        zero charge and/or LJ parameters and uses non-bonded code that

        does not compute contributions that are known to be zero. You

        should be able to see this from the differences in the flop

        accounting at the end of your .log files when you have different

        numbers of zero-charge atoms. If the total calculation times are

        similar, then the number of atoms for which time was saved was

        negligible. This would be normal for a peptide in a much larger

        quantity of water. You will have to judge the truth of this from

        the timing and flop breakdown at the end of the .log file. <br>

        <br>

        Mark <br>

      </blockquote>

      <br>

      <br>

      <pre class="moz-signature" cols="72">-- 

Laurence Leherte

Laboratoire de Physico-Chimie Informatique

Unit&eacute; de Chimie Physique Th&eacute;orique et Structurale

Facult&eacute;s Universitaires Notre-Dame de la Paix (University of Namur)

Rue de Bruxelles, 61

B-5000 Namur

Belgique (Belgium)

</pre>

      <br>

      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>