<html>

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    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    Hello,<br>

    <br>

    Thank you very much for your reply.&nbsp; I actually carried out very

    basic MDs of a peptide in vacuum (no pbc, cut-off for electrostatics

    and vdw = "infinity", niter = 10^6). The computing results are given

    in the two tables below.&nbsp; As they are identical, I am assuming that

    there is only one neighbor list that is created for the calculation

    of both the electrostatic and vdW interactions.&nbsp; Since I want to

    calculate all vdW terms, I suppose that all Coulomb terms are

    automatically calculated too.&nbsp; Am I right ?<br>

    <br>

    <br>

    What if I create a group with all the nul-charge atoms and, by some

    means (e.g., a different fudgeQQ value - or something else- for that

    group ???), avoid to compute the electrostatic interactions with all

    the other charges particules ?&nbsp; <br>

    <br>

    <br>

    Similarly to the problem I reported in my mail, I also want to add

    some kind of charged virtual sites.&nbsp; In that case, those sites

    should not contribute to the vdW interactions of the system.&nbsp; I

    found no problem at all to define such virtual sites and to carry

    out MD simulations, but I suspect vdW terms to be calculated even if

    epsilon and sigma are set equal to zero for such "particles".<br>

    <br>

    Thank you in advance for any help<br>

    <br>

    Laurence<br>

    <br>

    <br>

    <br>

    For the regular MD (all atoms bear a non-zero charge) :<br>

    <font face="Courier New, Courier, monospace">Computing:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      M-Number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; M-Flops&nbsp; % Flops<br>

-----------------------------------------------------------------------------<br>

      &nbsp;All-vs-All, Coul + LJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19404.019404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      737352.737&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72.1<br>

      &nbsp;Outer nonbonded loop&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 197.000197&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      1970.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2<br>

      &nbsp;1,4 nonbonded interactions&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 518.000518&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      46620.047&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.6<br>

      &nbsp;Bonds&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 105.000105&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      6195.006&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6<br>

      &nbsp;Angles&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 363.000363&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      60984.061&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.0<br>

      &nbsp;Propers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 674.000674&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      154346.154&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.1<br>

      &nbsp;Virial&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.200242&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      435.604&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>

      &nbsp;Stop-CM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.700197&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      197.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>

      &nbsp;Calc-Ekin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 197.000394&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      5319.011&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>

      &nbsp;Lincs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 96.000288&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      5760.017&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6<br>

      &nbsp;Lincs-Mat&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 468.001404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      1872.006&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2<br>

      &nbsp;Constraint-V&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 192.000384&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      1536.003&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2<br>

      &nbsp;Constraint-Vir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.600096&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      230.402&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>

-----------------------------------------------------------------------------<br>

      &nbsp;Total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      1022818.053&nbsp;&nbsp; 100.0</font><br>

    <br>

    <br>

    For the modified system (most of the atoms, i.e. 169 over 197, bear

    a nul charge) :<br>

    <font face="Courier New, Courier, monospace">Computing:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      M-Number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; M-Flops&nbsp; % Flops<br>

-----------------------------------------------------------------------------<br>

      &nbsp;All-vs-All, Coul + LJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19404.019404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      737352.737&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72.1<br>

      &nbsp;Outer nonbonded loop&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 197.000197&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      1970.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2<br>

      &nbsp;1,4 nonbonded interactions&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 518.000518&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      46620.047&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.6<br>

      &nbsp;Bonds&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 105.000105&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      6195.006&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6<br>

      &nbsp;Angles&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 363.000363&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      60984.061&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.0<br>

      &nbsp;Propers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 674.000674&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      154346.154&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.1<br>

      &nbsp;Virial&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.200242&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      435.604&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>

      &nbsp;Stop-CM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.700197&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      197.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>

      &nbsp;Calc-Ekin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 197.000394&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      5319.011&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>

      &nbsp;Lincs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 96.000288&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      5760.017&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6<br>

      &nbsp;Lincs-Mat&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 468.001404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      1872.006&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2<br>

      &nbsp;Constraint-V&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 192.000384&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      1536.003&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2<br>

      &nbsp;Constraint-Vir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.600096&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      230.402&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>

-----------------------------------------------------------------------------<br>

      &nbsp;Total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      1022818.053&nbsp;&nbsp; 100.0<br>

-----------------------------------------------------------------------------</font><br>

    <br>

    <br>

    <br>

    <br>

    On 04/06/2012 16:37, Mark Abraham wrote:

    <blockquote cite="mid:4FCCC829.3040609@anu.edu.au" type="cite">On

      5/06/2012 12:08 AM, Laurence Leherte wrote:

      <br>

      <blockquote type="cite">Dear Gromacs users,

        <br>

        <br>

        I am using the Amber99 FF in MD simulations of peptides (and

        proteins). In a first stage to the design a different charge

        distribution, most of the atomic charges were set equal to zero

        (i.e., all charges but the C and O backbone atoms).

        <br>

        It appeared that the calculation times observed for the original

        all-atom charges and the modified system are similar.

        <br>

        <br>

        My question is thus the following one.&nbsp; In order to save

        calculation time (and whatever the FF is), how is it possible to

        avoid that the atoms bearing a nul charge are considered in

        electrostatic calculations ?&nbsp; I should specify here that I want

        these atoms to be considered in the vdW non-bonding

        interactions.

        <br>

      </blockquote>

      <br>

      IIRC GROMACS neighbour searching already identifies atoms with

      zero charge and/or LJ parameters and uses non-bonded code that

      does not compute contributions that are known to be zero. You

      should be able to see this from the differences in the flop

      accounting at the end of your .log files when you have different

      numbers of zero-charge atoms. If the total calculation times are

      similar, then the number of atoms for which time was saved was

      negligible. This would be normal for a peptide in a much larger

      quantity of water. You will have to judge the truth of this from

      the timing and flop breakdown at the end of the .log file.

      <br>

      <br>

      Mark

      <br>

    </blockquote>

    <br>

    <br>

    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 

Laurence Leherte

Laboratoire de Physico-Chimie Informatique

Unit&eacute; de Chimie Physique Th&eacute;orique et Structurale

Facult&eacute;s Universitaires Notre-Dame de la Paix (University of Namur)

Rue de Bruxelles, 61

B-5000 Namur

Belgique (Belgium)

</pre>

  </body>

</html>