<br>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hi All,</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><br></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">To be able to get information about the <span style> </span>hydrophobic contacts, I prepared index.ndx
which includes 2 groups of atoms that belong to hydrophobic residues of my
system. Then, I used the command</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><br></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">“g_dist -f traj.xtc -s topol.tpr -n index.ndx
-dist 0.4 -lt -o lifetime.xvg” .</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><br></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">which gave<span style> 
</span>the “Number of contacts versus time” graph. But, number of contact axis
contains numbers from 0 to 0.5 (can the number of contact be a non-integer?) and
the time axis is given between 0 and 500 ps <span style> </span>(But, I have totally done a 70 ns simulation).
</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><br></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">This is the first time I am looking for
such interactions. <span style> </span>I could not
understand these numbers</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Any help would be appreciated.</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Turgay</span></p>

<br>